如何比较 R 中的 MDS 和聚类分析 [关闭]答案

【问题标题】：How to compare MDS and Cluster analysis in R [closed]如何比较 R 中的 MDS 和聚类分析 [关闭]
【发布时间】：2017-06-07 08:42:44
【问题描述】：

这是我在这里的第一篇文章，所以我希望我不要违反任何规则！我有一组从 450 个人中采样的 30snps。我已经对我的数据集执行了 MDS 并进行了聚类分析。在这两种情况下，我都获得了两个不同的组。我想看看两组中的个体在 MDS 和聚类分析中是否相同。你对我如何解决这个问题有什么建议吗？

感谢您的帮助！

【问题讨论】：

你能发布一些示例数据吗？
嗨，我建议在bioinformatics.stackexchange.com 上重新发布这个问题，并提供更多详细信息（数据采用什么格式？等）。由于这是非常特定于生物信息学的，并且仅与编程相关，因此您可能会在那里得到更好的答案。
谢谢！我能够解决问题；）

【解决方案1】：

如果您有两个向量，您可以使用setdiff() 查看它们的不同之处：

set1 <- c(1, 2, 3, 4, 5)
set2 <- c(2, 3, 4, 5, 6)

# what elements are in set1 but not in set2?
setdiff(set1, set2)
[1] 1

【讨论】：

谢谢！我想过使用函数 table() 但我不知道如何创建这两个向量。对于 MDS，也许我可以使用 $points（它是一个非度量 MDS），但是对于集群分析，我不知道如何从集群分析本身中提取数据。对不起，我希望我不会太困惑！
如果您更新原始问题以包含更多详细信息（例如，示例数据和您用于执行 MDS 和聚类分析的代码），人们可能会提供进一步的帮助。
谢谢，我能够操作我的数据以使用函数 setdiff。成功了！