无法使用 NTriples (OWLAPI) 保存本体答案

【问题标题】：Can't save the ontology with NTriples (OWLAPI)无法使用 NTriples (OWLAPI) 保存本体
【发布时间】：2021-05-26 01:00:58
【问题描述】：

我尝试使用 owlapi 将我的本体保存为 NTriples 格式。当我尝试保存我的本体时出现此错误：

Exception in thread "main" java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index 1 out of bounds for length 1
    at java.base/jdk.internal.util.Preconditions.outOfBounds(Preconditions.java:64)
    at java.base/jdk.internal.util.Preconditions.outOfBoundsCheckIndex(Preconditions.java:70)
    at java.base/jdk.internal.util.Preconditions.checkIndex(Preconditions.java:248)
    at java.base/java.util.Objects.checkIndex(Objects.java:373)
    at java.base/java.util.ArrayList.get(ArrayList.java:426)
    at java.base/java.util.Collections$UnmodifiableList.get(Collections.java:1321)
    at java.base/java.util.Collections$UnmodifiableList.get(Collections.java:1321)
    at org.semanticweb.owlapi.rdf.model.AbstractTranslator.lambda$visit$3(AbstractTranslator.java:710)
    at java.base/java.lang.Iterable.forEach(Iterable.java:75)
    at org.semanticweb.owlapi.rdf.model.AbstractTranslator.visit(AbstractTranslator.java:709)
    at org.semanticweb.owlapi.model.OWLSameIndividualAxiom.accept(OWLSameIndividualAxiom.java:51)
    at org.semanticweb.owlapi.rdf.model.AbstractTranslator.translate(AbstractTranslator.java:288)
    at java.base/java.util.stream.ForEachOps$ForEachOp$OfRef.accept(ForEachOps.java:183)
    at java.base/java.util.stream.ReferencePipeline$3$1.accept(ReferencePipeline.java:195)
    at java.base/java.util.ArrayList$ArrayListSpliterator.forEachRemaining(ArrayList.java:1624)
    at java.base/java.util.stream.AbstractPipeline.copyInto(AbstractPipeline.java:484)
    at java.base/java.util.stream.AbstractPipeline.wrapAndCopyInto(AbstractPipeline.java:474)
    at java.base/java.util.stream.ForEachOps$ForEachOp.evaluateSequential(ForEachOps.java:150)
    at java.base/java.util.stream.ForEachOps$ForEachOp$OfRef.evaluateSequential(ForEachOps.java:173)
    at java.base/java.util.stream.AbstractPipeline.evaluate(AbstractPipeline.java:234)
    at java.base/java.util.stream.ReferencePipeline.forEach(ReferencePipeline.java:497)
    at org.semanticweb.owlapi.rdf.RDFRendererBase.createGraph(RDFRendererBase.java:484)
    at org.semanticweb.owlapi.rdf.RDFRendererBase.createGraph(RDFRendererBase.java:471)
    at org.semanticweb.owlapi.rdf.RDFRendererBase.lambda$renderEntities$5(RDFRendererBase.java:294)
    at java.base/java.util.stream.ReferencePipeline$2$1.accept(ReferencePipeline.java:176)
    at java.base/java.util.ArrayList$Itr.forEachRemaining(ArrayList.java:1002)
    at java.base/java.util.Spliterators$IteratorSpliterator.forEachRemaining(Spliterators.java:1801)
    at java.base/java.util.stream.AbstractPipeline.copyInto(AbstractPipeline.java:484)
    at java.base/java.util.stream.AbstractPipeline.wrapAndCopyInto(AbstractPipeline.java:474)
    at java.base/java.util.stream.ForEachOps$ForEachOp.evaluateSequential(ForEachOps.java:150)
    at java.base/java.util.stream.ForEachOps$ForEachOp$OfRef.evaluateSequential(ForEachOps.java:173)
    at java.base/java.util.stream.AbstractPipeline.evaluate(AbstractPipeline.java:234)
    at java.base/java.util.stream.ReferencePipeline.forEach(ReferencePipeline.java:497)
    at org.semanticweb.owlapi.rdf.RDFRendererBase.renderEntities(RDFRendererBase.java:295)
    at org.semanticweb.owlapi.rdf.RDFRendererBase.renderInOntologySignatureEntities(RDFRendererBase.java:280)
    at org.semanticweb.owlapi.rdf.RDFRendererBase.renderOntologyComponents(RDFRendererBase.java:263)
    at org.semanticweb.owlapi.rdf.RDFRendererBase.render(RDFRendererBase.java:258)
    at org.semanticweb.owlapi.rio.RioStorer.storeOntology(RioStorer.java:230)
    at org.semanticweb.owlapi.util.AbstractOWLStorer.store(AbstractOWLStorer.java:85)
    at org.semanticweb.owlapi.util.AbstractOWLStorer.storeOntology(AbstractOWLStorer.java:72)
    at uk.ac.manchester.cs.owl.owlapi.OWLOntologyManagerImpl.saveOntology(OWLOntologyManagerImpl.java:1324)
    at preprocess.PositiveInference.inferringSemanticsofEquality(PositiveInference.java:117)
    at preprocess.PositiveInference.inferencing(PositiveInference.java:85)
    at preprocess.PositiveInference.main(PositiveInference.java:65)

而错误引用的代码是：

NTriplesDocumentFormat nTriplesFormat = new NTriplesDocumentFormat();

try {
        ontologyManager.saveOntology(ontologyInferred, nTriplesFormat, IRI.create(file.toURI()));
} catch (OWLOntologyStorageException e) {
        e.printStackTrace();
}

本体：

SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#PB> )
SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#transY> )
SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#symX> )
SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#OC> )
SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#transZ> )
SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#SAA> )
SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#transX> )
SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#OAC> )
SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#refO> )
SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#refS> )
SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#SA> )
SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#PAB> )
SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#transX> <http://www.example.com/individual/eq#transY> <http://www.example.com/individual/eq#transZ> )
SameIndividual(<http://www.example.com/individual/eq#symY> )

基于OWL 2 RL/RDF规则eq-ref推理的反身sameAs公理结果

如果：T(?s, ?p, ?o) 那么：T(?s, owl:sameAs, ?s)

SameIndividual(http://www.example.com/individual/eq#PB)

推理代码：

result.add(dataFactory.getOWLSameIndividualAxiom(individual, individual));

我可以将我的本体保存为 OWLXMLFormat，但是因为我正在构建一个需要三重形式的数据集。有没有办法以任何三元形式保存它？

已经尝试过的其他格式报错：

NTriplesDocumentFormat nTriplesFormat = new NTriplesDocumentFormat();
N3DocumentFormat n3Format = new N3DocumentFormat();
TrigDocumentFormat trigFormat = new TrigDocumentFormat();
TurtleDocumentFormat  turtleFormat = new TurtleDocumentFormat();
RioTurtleDocumentFormat  rioFormat = new RioTurtleDocumentFormat();

编辑：

完整的推理代码：

public class InferredSameIndividualAxiomGenerator extends InferredIndividualAxiomGenerator<OWLSameIndividualAxiom>{
    
    @Override
    protected void addAxioms(OWLNamedIndividual entity, OWLReasoner reasoner, OWLDataFactory dataFactory, Set<OWLSameIndividualAxiom> result) {

        Set<OWLNamedIndividual> sameIndividuals = asUnorderedSet(reasoner.getSameIndividuals(entity).entities());
        sameIndividuals.add(entity);
        result.add(dataFactory.getOWLSameIndividualAxiom(entity, entity));
        if (sameIndividuals.size() > 1) 
            result.add(dataFactory.getOWLSameIndividualAxiom(sameIndividuals));
    }

    @Override
    public String getLabel() {
        return "Same Individuals T(?x, owl:sameAs, ?y)";
    }
}

【问题讨论】：

这应该是一个错误。你应该打开一个 Github 问题。 OWL API 确实使用集合来保持相同公理的个体，但实际上 N-Triples 表示确实需要 2 个个体，因此，由于集合中只有一个个体，所以会发生异常。一个简单的检查 size = 1 特别是公理应该可以解决这个问题。但是您必须报告它，甚至提供修复并提出拉取请求
result.add(dataFactory.getOWLSameIndividualAxiom(entity, entity)); 我不确定这条线的目的是什么。正在创建的公理不是由推理器推断的，并且不是有效的 OWL 2 公理。删除此行可能会解决您的问题。
@Ignazio 试图为 OWL 2 RL Rule Semantics of Equality 创建推理，并且该行的目的是用于 Rule eq-ref，即 If: T(?s, ?p, ?o), 然后: T(?s, owl:sameAs, ?s), T(?p, owl:sameAs, ?p), T(?o, owl:sameAs, ?o)。如果我删除了该行，是否有任何替代方法可以产生推理？
目前没有 OWLAPI 的好方法 :-( 问题是您希望写出的推论可以表示为 RDF 三元组，但根本不能表示为 OWL 公理，所以 OWLAPI 和 RIO （您尝试过的格式跨越 OWLAPI 和 RIO 格式）并不期望那样。有一个开放的请求允许此类构造通过某种机制工作，以便应用程序可以选择使用不符合 OWL 的公理，但它是还没有实现。我对当前堆栈所做的就是写出没有这些三元组的 NTRIPLE 内容，然后手动将它们添加到文件中，这不是很好。

标签： java owl owl-api n-triples

【解决方案1】：

可以使用ONT-API 作为解决方法。
由于 ONTAPI 是一个以 RDF 为中心的 OWLAPI 实现，因此任何 RDF 序列化都必须没有问题（默认情况下，OWLAPI 格式会被 Jena 替代品替代）。
但是，公理SameIndividual(x, x)仍然是非法的，要创建这样的构造需要切换到RDF API。

例子：

    OWLOntologyManager m = OntManagers.createManager();

    OWLOntology ont = m.createOntology();
    String i = "http://i";

    OntModel g = ((Ontology) ont).asGraphModel();
    g.createIndividual(i).addSameIndividual(g.createIndividual(i));

    ont.saveOntology(new NTriplesDocumentFormat(), System.out);

输出：

<http://i> <http://www.w3.org/2002/07/owl#sameAs> <http://i> .
<http://i> <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type> <http://www.w3.org/2002/07/owl#NamedIndividual> .
_:B0ee0d3dfX2D1fe4X2D4489X2D9fc3X2De18bae6cfab4 <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type> <http://www.w3.org/2002/07/owl#Ontology> .

【讨论】：

【解决方案2】：

例外是一个错误（请按照评论中的建议报告它），但是请注意，这些不是合法的 OWL 公理。语法和语义规范显示 sameAs 至少需要两个参数。

（考虑公理应该允许定义同义词个体；一个论点只提供没有新信息）

如果公理是由推断公理生成器生成的，那么看起来该代码也有错误。

【讨论】：