R中的Awk脚本答案

【问题标题】：Awk script in RR中的Awk脚本
【发布时间】：2012-01-31 06:12:32
【问题描述】：

我需要运行 awk 脚本来检测光谱中的局部最大值（峰值）。此光谱在文本文件中以两列的形式出现。

这是一个更大项目的一部分，该项目将确定这些峰是否代表某些化合物（实际上是代谢物）。

我在 Google 和无数其他地方搜索过，我真的找不到在 R 中运行 awk 脚本的任何东西。

编辑：我使用的 awk 脚本看起来像这样-

awk 'BEGIN{dydx = 0;}
{ 
  if(NR > 1)
     { dydx = ($2 - y0)/($1 - x0); } 
  if(NR > 2 && last * dydx < 0)
     { printf( "%.4f  %.4f\n", (x0 + $1)/2, log((dydx<0)?-dydx:dydx)); } ;
  last=dydx; x0=$1; y0=$2
}' /home/chaitanya/Work/nmr_spectra/caffeine/pdata/1/spectrumtext.txt  | awk '$2 > 17'

您还可以查看我昨天提出的this 问题。请注意，这不是同一个问题。

【问题讨论】：

你是asking the same question as yesterday吗？
@baptiste 不是同一个问题。不，我已经找到了解决昨天问题的方法。我正在努力让它发挥作用。我仍在寻找其他可能的解决方案。因此，请不要认为这是重复的，并且出于这个原因对这个或其他问题投反对票。
不清楚您是否真的遵循了昨天的想法。如果您找到了解决方案，请将其添加到讨论中，并更好地解释您要解决的实际问题。
@baptiste 是对的（一如既往）。您应该始终保持透明。尽可能多地发布信息并链接到任何相关材料。
@baptiste 我改变了这两个问题。请看一看。我认为他们现在很清楚。

标签： r awk

【解决方案1】：

你应该可以的

system('your awk command here')

如果您的 awk 命令中有单引号，请按照 Hong Ooi 的建议执行并将您的 awk 命令放在单独的文件中，然后从 system 命令运行它或转义单引号：

> system('echo \'hello guy!\' ')
hello guy!

【讨论】：

那行不通。我的 awk 脚本使用 " 和 '。因此它与 system(' ') 命令中使用的引号冲突。我已编辑问题以包含 awk 脚本。
@guy：您将 awk 脚本的文件名放在了 system() 调用中。
我同意@HongOoi。我编辑了答案以纳入 HongOoi 的建议。
哦，是的！我忘了我可以逃脱角色。

【解决方案2】：

Windows 10 用户的更新现在可以本地使用 AWK：

对于安装了 WSL（适用于 linux 的 windows 子系统）的 Windows 10 用户，您可以从 R 控制台在 windows 中运行 AWK：

>  system( 'wsl awk \'BEGIN { print "Hello, world" }\' ')
Hello, world

【讨论】：

【解决方案3】：

如果您有相当平滑的光谱数据，那么有几个函数可以很好地定位局部最大值和最小值（又名“峰值”）。我喜欢 pastecs 中的工具，但请查看以下软件包（按我的粗略选择顺序）：

pastecs, Peaks, seewave, ppc

【讨论】：

很有趣，感谢您的列表。我只使用过 PRocess 和自定义函数，我应该检查一下。