预期寿命生存包 R

Question

我想以我校正模型中的其他变量的方式（校正组预后方法）计算因疾病而损失的生命年。我的数据集是一组个体，我对其有随访时间直至死亡/审查，以及他们是否死亡的变量，以及年龄、性别和疾病患病率等协变量。我在网上搜索了一下，感觉这应该可以通过 R 中的生存包实现。

我使用了以下返回概率的代码：

fit1 <- coxph(Surv(fup_death, death) ~  age + sex + prev_disease, data) 

direct <- survexp( ~prev_disease, data=data, ratetable=fit1)

我也尝试了survfit功能，但是我的电脑崩溃了：

t<-survfit(fit1, newdata = data)

我如何得出患病和未患病者的预期寿命？还是我应该换一种方式？

提前感谢您！

最好， 赛门

Answer 1

生命损失年数的计算是平均存活率的差异。您可以获得两个独立但可比较的条件的 survfit 对象，如下所示：

fit1 <- coxph(Surv(fup_death, death) ~  age + sex + prev_disease, data) 
survfit_WithDisease <- survfit(fit1,
                             newdata=data.frame(age=50,
                                                sex='m',
                                                prev_disease=TRUE))
survfit_NoDisease <- survfit(fit1,
                             newdata=data.frame(age=50,
                                                sex='m',
                                                prev_disease=FALSE))

通过设置print.rmean=TRUE，您可以获得每种情况下的平均生存率估计值。

print(survfit_WithDisease,print.rmean=TRUE)
print(survfit_NoDisease,print.rmean=TRUE)

请注意，并非为每条生存曲线都定义了平均值。当生存曲线没有完全归零时，有几种计算平均生存率的选项，您应该在?print.survfit 中阅读。