使用 Biopython 为 SARS 病毒在 Python 中运行 BLAST。我的输出根本没有出现！有人检查我的代码吗？答案

【问题标题】：Running BLAST in Python with Biopython for SARS Virus. My output is simply not showing up! Someone check my code?使用 Biopython 为 SARS 病毒在 Python 中运行 BLAST。我的输出根本没有出现！有人检查我的代码吗？
【发布时间】：2020-05-01 20:02:35
【问题描述】：

这是我的代码：

from Bio.Blast import NCBIWWW          
result = NCBIWWW.qblast("blastn","nt",r"C:\Users\video\Documents\sars.fasta")  
save_file = open("blast4.xml", "w")
save_file.write(result.read())
save_file.close()
result.close()
result = open("blast4.xml")
from Bio.Blast import NCBIXML
records = NCBIXML.parse(result)
blast_record = records.__next__()
# Up till here there are no problems 

for alignment in blast_record.alignments:
    for hsp in alignment.hsps:
        if hsp.expect <0.01:
            print('****Alignment****') 
            print('sequence:', alignment.title) 
            print('length:', alignment.length) 
            print('score:', hsp.score) 
            print('gaps:', hsp.gaps) 
            print('e value:', hsp.expect) 
            print(hsp.query[0.90] + '...') 
            print(hsp.match[0.90] + '...') 
            print(hsp.sbjct[0.90] + '...')

代码似乎可以运行，但没有输出！没有桌子或任何东西。代码只是运行，什么也没有。有什么问题？

【问题讨论】：

标签： xml bioinformatics biopython blast sparse-file

【解决方案1】：

len(blast_record.alignments) 的值是多少？我不知道您使用的是哪个 sars.fasta 文件，但如果我使用 this sars fasta file 尝试您的代码，则 len(blast_record.alignments) 的值是 0。

所以我假设您的爆炸结果不包含任何对齐，因此不会打印对齐信息。

【讨论】：