将 Bio.Entrez 类转换为字符串答案

【问题标题】：Convert Bio.Entrez class to string将 Bio.Entrez 类转换为字符串
【发布时间】：2016-11-21 00:56:52
【问题描述】：

我目前正在使用 BioPython 从 PMID 查询 PubMed 记录。然后，我将所需信息存储在一个名为 abstract 的变量中，其数据类型为：

class 'Bio.Entrez.Parser.StructureElement'>

例如，如果我打印它，我会收到：

{u'AbstractText': ['Hypercholesterolemia and hypertension are frequently associated with elevated sympathetic activity. Both are independent cardiovascular ris....']}

我希望将方括号之间的文本写入字符串。我怎样才能快速有效地做到这一点？

【问题讨论】：

标签： python string biopython

【解决方案1】：

我不知道您是如何从 PubMed 获取数据的，但如果您需要查询 PubMed 并获取摘要，您可以使用以下 sn-p。

from Bio import Medline
from Bio import Entrez
Entrez.email = 'my@email.com'

#a list of pubmed IDs
idlist = ['10024335']

#query PubMed
handle = Entrez.efetch(db="pubmed", id=idlist, rettype="medline", retmode="text")
records = Medline.parse(handle)

#print the abstract of all records
for r in records:
    print(r['AB'])

输出

'高胆固醇血症和高血压经常与

...

高胆固醇血症高血压患者的结构损伤。'

【讨论】：

【解决方案2】：

您应该将其识别为 Python 字典：

{u'AbstractText': ['Hypercholesterolemia and hypertension are frequently associated with elevated sympathetic activity. Both are independent cardiovascular ris....']}

这里'AbstractTest' 是一个字典键，['Hypercholesterolemia and hypertension are frequently associated with elevated sympathetic activity. Both are independent cardiovascular ris....'] 是它的关联值。

注意['Hypercholesterolemia and hypertension are frequently associated with elevated sympathetic activity. Both are independent cardiovascular ris....'] 是一个包含一个字符串的 Python 列表（显示为用点截断）。

所以像my_dict['AbstractTest'][0] 这样的东西会给你这个列表中的第一个条目。

【讨论】：

【解决方案3】：

由于列表中的某些元素是Bio.Entrez.Parser.StringElement 类型，您可能希望使用内置的 str() 转换为字符串（没有属性和键），如下所示：str(my_dict['AbstractTest'][0])

【讨论】：