从 TextIOWrapper 到 Biopython 解析

【问题标题】：From TextIOWrapper to parse in Biopython从 TextIOWrapper 到 Biopython 解析
【发布时间】：2018-01-29 11:42:07
【问题描述】：

我编写了一个脚本并使用循环创建了一个多对齐 fasta 并将其存储在一个文件中。

concatenation = open ('example.fasta', 'w')
for key, value in concat.items():
    output = '>' + key + '\n' + value + '\n'
    concatenation.write(output)

我想使用 AlignIO 的功能将我的 fasta 转换为 phylip（并打开一个新文件），但我无法找到解析我的“example.fasta”的方法。

最好的方法是什么？

【问题讨论】：

标签： python dictionary biopython

【解决方案1】：

如果你只是想将一个 biopython fasta 对齐转换为 phylip，你可以简单地使用convert 方法。

from Bio import AlignIO

AlignIO.convert("myFastaInputFile","fasta","myPhylipOutFile","phylip")

如果需要先从文件中读取对齐方式，可以使用parse再转换：

myAlignment = AlignIO.parse("myFastaAlignment","fasta")

【讨论】：