ImportError：无法导入名称 _aligners [biopython]答案

【问题标题】：ImportError: cannot import name _aligners [biopython]ImportError：无法导入名称 _aligners [biopython]
【发布时间】：2018-07-12 01:06:39
【问题描述】：

我正在做具有 biopython 依赖性的生物信息学。 Biopython 总是给我以下错误：

我希望有人可以帮助我解决这个问题。谢谢！

【问题讨论】：

您使用的是什么操作系统？这是在 Ubuntu 上吗？
嗨 Gino 和 Chris，我在虚拟机上使用 ubuntu 18.04。我查看了链接，但它超出了我的想象。我真的没有任何编程背景。我会咨询专家，当我得到答案时会回复这个问题。
你能试试 `/usr/bin/python' 然后 'rom Bio.Align import aligners' 和 'import Bio' 然后 'Bio.__version_' 并添加你的问题的输出？

标签： python import bioinformatics importerror biopython

【解决方案1】：

在安装另一个软件包期间安装 biopython（作为依赖项）时，我遇到了这个问题。解决方案：

pip uninstall biopython
pip install biopython

【讨论】：

【解决方案2】：

这可能发生在 Biopython 版本 >= 1.72 上，并已在 biopython mailing list here 上进行了讨论。当您在 biopython/ 目录中尝试导入时会发生此错误，要修复错误只需移动到源代码树之外的另一个目录，然后执行您的代码。

如果错误仍然出现，则可能安装设置不正确，您可以尝试运行以下标准安装步骤（假设您没有使用pip）将文件和目录放在正确的位置：

python setup.py build
python setup.py test  # not compulsory for the fix
python setup.py install  # add '--prefix' flag to install to a particular directory

我们已经改进了未来 biopython 版本的回溯，请参阅8efbf6d：

ImportError: cannot import name '_aligners': you should not import directly from the biopython source directory; please exit the source tree and re-launch your code from there

【讨论】：