如何用户输入具有特定扩展名的文件名？

【问题标题】：How to user input filename with a specific extension?如何用户输入具有特定扩展名的文件名？
【发布时间】：2018-12-02 01:37:14
【问题描述】：

我正在尝试使用 python 创建一个程序，该程序将用户输入一个 fasta 文件，该文件以后可用于修剪引物。我正在尝试使用 BioPython 来执行此操作，但我一直遇到错误。我试过的代码如下：

from Bio import SeqIO

in_file = input("Enter filename with extension:")

def is_fasta(in_file):
    with open(in_file) as handle:
        fasta = SeqIO.parse(handle, "fasta")
        return any(fasta)

is_fasta(in_file)

我希望能够请求一个 fasta 文件，如果输入的文件不是 fasta，则显示错误消息并提示重试。

【问题讨论】：

标签： python bioinformatics biopython

【解决方案1】：

你熟悉 Python 的try 语句吗？您可以尝试打开并读取文件，如果它不起作用（即引发异常），您会再次提示用户。

我不知道Bio.SeqIO 甚至Bio 模块。我猜错误来自包含您对SeqIO.parse 的调用的行？你可以试试这样：

from Bio import SeqIO

while True:
    in_file = input("Enter filename with extension:")
    try:
        with open(in_file) as handle:
            fasta = SeqIO.parse(handle, "fasta")
    except:
        print("Could not read file. Please ensure it is a 'fasta' file and try again.")
        continue
    break

无一例外，fasta 的分配应该有效，我们将用break 打破while 循环。

【讨论】：