如何按标签从 genbank 文件中提取特征？答案

【问题标题】：How can I extract a feature from a genbank file by label?如何按标签从 genbank 文件中提取特征？
【发布时间】：2019-09-16 20:26:11
【问题描述】：

我正在尝试解析 genbank 文件以查找特定功能。如果我知道特征类型（例如 repeat_region），我可以将其取出 - 例如，如果我正在寻找这个特征：

 repeat_region   5623..5756
                 /label=5' ITR
                 /note="5' ITR"

我知道我可以通过以下方式找到它：

for feature in reference.features:
if feature.type == "repeat_region":
    print(feature.location)

但我不相信它会永远是一个repeat_region。相反，我想按标签（5' ITR）查找它。我似乎可以找到一种从特征对象中解析它的方法。有什么建议吗？

【问题讨论】：

我建议您首先隔离当前方法无法正常工作的情况。也许对术语“5' ITR”和“5' Inverted Terminal Repeat”进行一些完整的文档搜索。您可能会发现目标术语报告不一致的情况，从而使解析过程复杂化。当/如果您确定有必要扩展您的功能。

【解决方案1】：

我建议尝试使用 ElementTree 库；它会将 genbank xml 文件解析为字典，然后您应该能够将 /label 标记作为键访问。

【讨论】：