替换 FASTA 对齐文件列中的所有字母实例

Question

我正在编写一个脚本，它可以替换 FASTA 比对文件列中的所有氨基酸残基实例。使用 AlignIO，我只能读取一个对齐文件并从中提取信息，但我无法修改它们的序列。此外，MutableSeq 模块只能修改字符串序列，如果我使用 seq 对象输入，它不能修改它。 我想找一个模块或方法来修改对齐文件并保存它，而它在AlignIO的结构中作为后续过程的序列对象。

我的代码只使用了 AlignIO：

alignment = AlignIO.read(input_handle, "fasta")
for record in alignment:
    if record.seq[10] == "G":
        record.seq[10] = "T"

输出：

record.seq[10] = "T"
TypeError: 'Seq' object does not support item assignment

我的代码同时使用了 AlignIO 和 MutableSeq：

alignment = AlignIO.read(input_handle, "fasta")
for record in alignment[0:1, : ]:
    mut_align = MutableSeq(record.seq)
    mut_align.__delitem__(10)
    mut_align.insert(10, "T")
    print(mut_align)

输出：

del self.data[index]
TypeError: 'Seq' object doesn't support item deletion

Answer 1

这是一个很好的问题，我认为您对 MutableSeq 所做的事情应该会立即奏效或失败，但这里有一个解决方法：

from Bio import AlignIO

alignment = AlignIO.read('test.fasta', 'fasta')
for record in alignment:
    record.seq = record.seq.tomutable()
    if record.seq[2] == "G":
        record.seq[2] = "T"
    print(record)

输出：

ID: 1
Name: 1
Description: 1
Number of features: 0
MutableSeq('ATTAG')
ID: 2
Name: 2
Description: 2
Number of features: 0
MutableSeq('AATAG')

对于输入数据：

$ cat test.fasta 
>1
ATGAG
>2
AAGAG

我认为 MutableSeq 对象是从您的示例中的 Seq 对象创建的，但该方法作为错误失败，我在此处提交：https://github.com/biopython/biopython/issues/1918

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如果你想避免使用MutableSeq all-together，这是另一个相当低效的解决方法，每次都重新构建字符串：

alignment = AlignIO.read('test.fasta', 'fasta')
for record in alignment:
    if record.seq[2] == "G":
        record.seq = record.seq[:2] + 'T' + record.seq[3:]
    print(record)