BioPython 的 Align.PairwiseAligner() 中的 MemoryError

Question

我正在尝试编写一个 Python3 脚本，该脚本执行两个序列的全局对齐，长度约为 10 kb 和 11 kb。两者都非常相似。 （我试图找到它们不匹配的几个点，我知道其中一个点接近查询序列的末尾，这就是为什么局部比对是不够的（BLASTN 只是裁剪最后 2 个碱基以获得更好的对齐分数）。）

我曾希望能够为此使用 BioPython，特别是 Align.PairwiseAligner。但是，我遇到了 MemoryError。

有没有办法配置或使用 BioPython 以使用更少的内存（更多的运行时间完全没问题 - 当然，在合理范围内）？或者任何其他方式来执行 2 个序列的全局对齐，我可以使用而无需求助于像 Emboss Needle 这样的外部软件？

（这是一个更大软件的一部分。我已经必须同时发布 BLAST 和 BioPython。如果可以避免的话，我宁愿不必再发布另一个软件。）

这是一个 MVCE：

from Bio import Align

ref_seq = "GAAAGACCTGAAAGATCACGGTGCCTTCATTTCAACTGTGAGACATGAAGTAATTTTCCCAAATCTACAACATTAAGATATGGTGCAATAAGGACCAGATTAAAGGTCTCCTGATTTGCGGCCATGTTCCCTCCATCTCCTTTACTCCTAAACACACTCACACTCACTACTGCAAATAGTTGTCTTGTCAAGTGGGAAATGAATGCTCTTACAAGGCTCAAACTTGTGAACACATCACTGACCAGCACAGAGCTGGCTACAATAGCTCCCCAATTAAGGTGTTTTACATGCAACTGGTTCAAACCTTCCAAGTGCTAAATTAAAACAATCCTTTAAAGAAGGAAATTCTGTTTCAGAAGAGGACCTTCATACAGCATCTCTGACCAGCAACTGATGATGCTATTGAACTCAGATGCTGATTGGTTCTCCAACACGAGATTACCCAACCCAGGAGCAAGGAAATCAGTAACTTCCTCCCTATAACTTGGAATGTGGGTGGAGGGGTTCATAGTTCTCCCTGAGTGAGACTTGCCTGCTAAGCTGGCCCCTGGTCCTGTCCTGTTCTCCAGCATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGCTCCTGCATCCTAGCGCTGACAGTGACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGGCTGGGGACACCCGACGTAAGTGCACATTGCGGGTGCTGAGCTACTATGGGGTGGGGAAAATAGGGAGTTTTGTTAACATTGTGCCCAGGCCATGTCCCTTAAGAAATTGTGACGTTTTCTTCAGAGATTGCCCATCTTTATCATTGGATCCCAAATTATTTCCTCCATAAAAGGAGCTTGGGTACTTGCCCTCTTCATGAGACTTGTGTAAGGGGCCTTTGCACAAGTCATTTCTTTTCAAATCTCCACCAATAAAACCTTTGCATCACATGTCCTCAGGGTCTTTAGAGGATTTAGAAATAAGGATTCTAAAATAAATTCCCCATACAGCACTTCCCTTTATTATGTTGACTTATGTCAGACAAAAGGAGGTTCTTACTGAAAATTTTGTGGGAGTCAAGGGAATTCAAAGGGTCTCTCCTAGACGATCCAGTGTTAGGTTCCCCACAGGACCTTTGGTGTTGGCCATAGTCCTCATATGTGAGGATGGACCCAGTGGCCTCCCCATTATCTCCTTTCTTTTCTTGCTGAACTCCAATGTTTATAAGGCCTGTATCCCTGTAGCGTATGTAGGTTCTCTGACAGAAGTTATACTTAGTGCTCTTCCTTTCTTGTGGGGAAAAGTCCCTGGAACTGAAGCTGAGATTGTTAGTACTTGGAGTCACCTTACAGATACAGAGCATTTATGAGGTATTCTTTGGTGCCTAAAGAACTTAAGGCATCCTCTGAAAAACTAGCCCAGGTTCGTGTTCATTATGAATCTTTTTTAACCTTTCTGTACTTGTTTCTCTTGCATCTCCTATGTGCTCTAACTAGACATGACAGAAGAGATTTAACTAATGTATAAATTATATGAAATTCTATTTTTTAAGTCAAAAATAATCAACTATCAGAAATTTAATAATGTTCAAACTATATACTCTGTGTGGGGTTACCGAGATGATGTGAACATTGTTCACGTCTCATAGGGCTGAAAGTCAATGGGCAAGTCTTGGGAACTCATTGTCTTACTGGGGTCTTGTCCTAAATTTCCTAGGTTCACCCATCATGCCCTCAGCTTTCCTTAACTAGCCATGTCTGCTTACCTCTTCCTCCAGTTTCTATTTTTCCCCAGCTATGTTGTCATCATTTCCAGAAATCTCTAAAGCTTGCACAGAACCTTAGCACTATGCGATTCATTGAAAGAGACTTTTTTTCTCTTTTTGAGGTAGGGCCTGGCTCTGTCACCCAGTCTATAGCTCAGTGGTGTGATCGAGGCTCACTGCAACCTCTGCCACCCATGCTCAAGTGATCCTCCCTCCTCAGGCTCCAGAGTAGCTGGGAATACAGGCAGGCAACCACGCCCAGCTAATTTTTGTAATTTTGGTAGACATGAGATTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTAAACTGCTGGTTTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAACATGCTAGGATTATAGATGTGAGCCACTGTGCCCAGGCAAAAAGAAATGACTCTTAATAAAAAAATTTCCTTTTTCTTAAATCACTGTTTCTTTATCTGTGAATTCTTCTTCCAACTAGAAGGAGGAGAAAAAAGAAGTTTGCCTGTATTTCTCACCAGGAGGAGAAGGGGTCTAGTGTGACATTAAAATGAAAGGGTGCTGGAGCTTGAGCCCCTTCTTGCTTTCCAGGATCCCTACAGTGATCAGTTCCCATACCCTGGTTTATTCATGTAAACCACACTTATTTTTCTCAGCAGCTACTCTTTACTGGGCTCCATTCTAGGTTCAAATCATTCTATTTGATTAAGTTAGAGAGCGTCCCTACTCTCATGGAAGTTACACAAGAGTAGAGGAGACAGACACTAACCCAATAAGCATTTAACAAAGAAGATAATGTTAGAGAGTCATAGTGCACTGAAGAAAAGACATCAGGTTTGTGAAAAAGAGAGACATGGATTCACCTACTTTAGTTCATATGTTAGGGAGCTCCACCTGAGAAAGTGACATTCAGCTGAGACAACAAAATAAGTAGACAGTCGTGAAGATCTAAGGGATGAAAGTTCCAGGGAGACCAAATGGCGGGAAAGCCCTGGTGTGGGAAACTATGTGGAGGGAGAGAAAGAAAGCTAGAGGGGCTGAAGTATAGAAAGCAACGAAATGGAGAGGCAGAAGATGAGGTAGGACACAGAGAGGAAGTCAGGAGCCTCATCATTATAGGCTCTGATGTCCACGGTAAAAAAAATTTGAATTTTATTATTTATTTACCTATTTATTTGTTTATTTATTTTATTTTATTTTGTGATGGAGTCTCTCTCTGTTGCCCAGGCTAGATGGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAATTAGCTGGGGCCACAGGTGCATGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGATAGGATTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTATATTCAATTTTTAAAACTAATTCTAGCTACTCTGTGGGGATTGGATTGTTGGGGTTCACCAGTGGTTAGGAAGACTATTTAGGAGCACAGCAGGGAATTCTCCAGGGAAAACAAGCTTGTGGCTTCATGGAGTGCATTAGTGATAAAGACGGTGAAGAAGATAAAGTGGACAGACTCGGCATGTATTTTTGCTTAGCTTGTTAATGAATTACTGTAAAGGGGGTAGAGCTTATTCCTAAGGATTTTCTTTTGACAAATAAGTGGGTGGTAGTGTTGTTTATTGAGATAGGAAAAACTATGGGAGGAAATGATTTGAAGTGGGTGGTTTGAAATAAAAGTTTTGTTTAAATATGAGATGATTGACTGACATTTATGTGGAGCAATCAGAAGGTCAATGGCATTTAAGAGACTCATGGTGAGGCTAGGGCTTCAGGTATTTATGTTGGAGGCATCAATACGTGTAGTGTGTTAAATTCCAGGGAGTGGAAGAGGATACATAGGGAGATGGATTGTGTGGAGAAACAAGAAGAGGGCACAGGCCAGCAAAGGGGGCTGAGAAAGAGCCCAGGGATGTTGGAGAAAAACCAAGAGAACATCATGTATGTAAGTCAAGGAAAACAGATTTTTTTCAAGGAGAAGGGAGAGGCCAATTGTGGTGAGTACCACTAAGAGGAGGGGGAAGTGAGAATATGACAGAGAAGCAAGTGCTGGGATTGGTGGAGTTGATATTTGCAGTCAATGGAGTATCCAGGGAGGAAACTGGATTGGACCATTTGGAGAGCAAATAAAAGTGAGGACGAGGTTAAGGTTGACTGTTCTGTGTAGAGAGCTTCAGGGAAGGATTGTTCTCTGGGTTCAGGGAGCCAGCTGAACCTAAAGGAAAAGGCTAAAGAAGCTGAAGAGAAGGAGGAGGACCTGTGAACCAGAGATGCTCAGCCATTATTAGCAAGGAAATACAAGAGAGCCCCTGTGTGCAGTGGTGACTACTCATGCAAAATGTCACACAGCCAATATTTAACACAGCCAGGATTTCACACAGCCAATATTTATTAGTGACATAGAATATATTTGTTATTGCTCTAGGTCATGAGAATGGAGTGACAAAATGAATCCGGTCGCCATCAGTATATGCCACATAACATTTTGCAGTGACTGTGTGCCAGGCCTATGAATTTCAGTATTCAATTTCAATAATGATCCTGTTGTATCTGTGGTATTTAAAAACATATACATCTCTGTAATCTAAAATTGAGAGGTTATAAGTAAAACCCAGTATTACAAATTTAGTGCTGGAAATTGATTGCAGTTTAAATCTGAGCATATAGAAAGTCCCTTTCTTCTATGTCAGCAGATGCCTTTTGTGTGAGGTTTAGGTATACTGCATTATTAGACATAAACCAGTGTTTCTGCCCTATGTTTTCAGAATGACAATTCTTTATGAAACTAATAGAAGAACAGAAGACAATTGCAAAATCATGATGAAGATACTAATTGCTTTAGAATTAAGGAATACAAATAATGTGAGCTGCAGTTATAGGGATCAAAAAAGTTACAATGGGAATGTATTTGAGTGTTTATTATGTGATCAGTGCTAAGAAGTGTCATCATTTAATTTTACACTTAACAGTAATCCTGTGAGGATTATGCTATTATTAAATGCACTTGATACATTACAAAAAGGCTTATGGTTGATATAAATTGACCCAAGTAGAAGAGATCATGTTTTTATTCAGGTTTTCTGATTCTAGAGTTTGAGAGTTTGACCATCATTAGTGAG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query_seq = "GAGTGAGACTTGCCTGCTAAGCTGGCCCCTGCTCCTGTCCTGTTCTCCAGCATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGCTCCTGCATCCTAGCGCTGACAGTGACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGGCTGGGGACACCCGACGTAAGTGCACATTGCGGGTGCTGAGCTACTATGGGGTGGGGAAAATAGGGAGTTTTGTTAACATTGTGCCCAGGCCATGTCCCTTAAGAAATTGTGACGTTTTCTTCAGAGATTGCCCATCTTTATCATTGGATCCCAAATTATTTCCTCCATAAAAGGAGCTTGGGTACTTGCCCTCTTCATGAGACTTGTGTAAGGGGCCTTTGCACAAGTCATTTCTTTTCAAATCTCCACCAATAAAACCTTTGCATCACATGTCCTCAGGGTCTTTAGAGGATTTAGAAATAAGGATTCTAAAATAAATTCCCCATACAGCACTTCCCTTTATTATGTTGACTTATGTCAGACAAAAGGAGGTTCTTACTGAAAATTTTGTGGGAGTCAAGGGAATTCAAAGGGTCTCTCCTAGACGATCCAGTGTTAGGTTCCCCACAGGACCTTTGGTGTTGGCCATAGTCCTCATATGTGAGGATGGACCCAGTGGCCTCCCCATTATCTCCTTTCTTTTCTTGCTGAACTCCAATGTTTATAAGGCCTGTATCCCTGTAGCGTATGTAGGTTCTCTGACAGAAGTTATACTTAGTGCTCTTCCTTTCTTGTGGGGAAAAGTCCCTGGAACTGAAGCTGAGATTGTTAGTACTTGGAGTCACCTTACAGATACAGAGCATTTATGAGGTATTCTTTGGTGCCTAAAGAACTTAAGGCATCCTCTGAAAAACTAGCCCAGGTTCGTGTTCATTATGAATCTTTTTTAACCTTTCTGTACTTGTTTCTCTTGCATCTCCTATGTGCTCTAACTAGACATGACAGAAGAGATTTAACTAATGTATAAATTATATGAAATTCTATTTTTTAAGTCAAAAATAATCAACTATCAGAAATTTAATAATGTTCAAACTATATACTCTGTGTGGGGTTACCGAGATGATGTGAACATTGTTCACGTCTCATAGGGCTGAAAGTCAATGGGCAAGTCTTGGGAACTCATTGTCTTACTGGGGTCTTGTCCTAAATTTCCTAGGTTCACCCATCATGCCCTCAGCTTTCCTTAACTAGCCATGTCTGCTTACCTCTTCCTCCAGTTTCTATTTTTCCCCAGCTATGTTGTCATCATTTCCAGAAATCTCTAAAGCTTGCACAGAACCTTAGCACTATGCGATTCATTGAAAGAGACTTTTTTTCTCTTTTTGAGGTAGGGCCTGGCTCTGTCACCCAGTCTATAGCTCAGTGGTGTGATCGAGGCTCACTGCAACCTCTGCCACCCATGCTCAAGTGATCCTCCCTCCTCAGGCTCCAGAGTAGCTGGGAATACAGGCAGGCAACCACGCCCAGCTAATTTTTGTAATTTTGGTAGACATGAGATTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTAAACTGCTGGTTTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAACATGCTAGGATTATAGATGTGAGCCACTGTGCCCAGGCAAAAAGAAATGACTCTTAATAAAAAAATTTCCTTTTTCTTAAATCACTGTTTCTTTATCTGTGAATTCTTCTTCCAACTAGAAGGAGGAGAAAAAAGAAGTTTGCCTGTATTTCTCACCAGGAGGAGAAGGGGTCTAGTGTGACATTAAAATGAAAGGGTGCTGGAGCTTGAGCCCCTTCTTGCTTTCCAGGATCCCTACAGTGATCAGTTCCCATACCCTGGTTTATTCATGTAAACCACACTTATTTTTCTCAGCAGCTACTCTTTACTGGGCTCCATTCTAGGTTCAAATCATTCTATTTGATTAAGTTAGAGAGCGTCCCTACTCTCATGGAAGTTACACAAGAGTAGAGGAGACAGACACTAACCCAATAAGCATTTAACAAAGAAGATAATGTTAGAGAGTCATAGTGCACTGAAGAAAAGACATCAGGTTTGTGAAAAAGAGAGACATGGATTCACCTACTTTAGTTCATATGTTAGGGAGCTCCACCTGAGAAAGTGACATTCAGCTGAGACAACAAAATAAGTAGACAGTCGTGAAGATCTAAGGGATGAAAGTTCCAGGGAGACCAAATGGCGGGAAAGCCCTGGTGTGGGAAACTATGTGGAGGGAGAGAAAGAAAGCTAGAGGGGCTGAAGTATAGAAAGCAACGAAATGGAGAGGCAGAAGATGAGGTAGGACACAGAGAGGAAGTCAGGAGCCTCATCATTATAGGCTCTGATGTCCACGGTAAAAAAAATTTGAATTTTATTATTTATTTACCTATTTATTTGTTTATTTATTTTATTTTATTTTGTGATGGAGTCTCTCTCTGTTGCCCAGGCTAGATGGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAATTAGCTGGGGCCACAGGTGCATGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGATAGGATTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTATATTCAATTTTTAAAACTAATTCTAGCTACTCTGTGGGGATTGGATTGTTGGGGTTCACCAGTGGTTAGGAAGACTATTTAGGAGCACAGCAGGGAATTCTCCAGGGAAAACAAGCTTGTGGCTTCATGGAGTGCATTAGTGATAAAGACGGTGAAGAAGATAAAGTGGACAGACTCGGCATGTATTTTTGCTTAGCTTGTTAATGAATTACTGTAAAGGGGGTAGAGCTTATTCCTAAGGATTTTCTTTTGACAAATAAGTGGGTGGTAGTGTTGTTTATTGAGATAGGAAAAACTATGGGAGGAAATGATTTGAAGTGGGTGGTTTGAAATAAAAGTTTTGTTTAAATATGAGATGATTGACTGACATTTATGTGGAGCAATCAGAAGGTCAATGGCATTTAAGAGACTCATGGTGAGGCTAGGGCTTCAGGTATTTATGTTGGAGGCATCAATACGTGTAGTGTGTTAAATTCCAGGGAGTGGAAGAGGATACATAGGGAGATGGATTGTGTGGAGAAACAAGAAGAGGGCACAGGCCAGCAAAGGGGGCTGAGAAAGAGCCCAGGGATGTTGGAGAAAAACCAAGAGAACATCATGTATGTAAGTCAAGGAAAACAGATTTTTTTCAAGGAGAAGGGAGAGGCCAATTGTGGTGAGTACCACTAAGAGGAGGGGGAAGTGAGAATATGACAGAGAAGCAAGTGCTGGGATTGGTGGAGTTGATATTTGCAGTCAATGGAGTATCCAGGGAGGAAACTGGATTGGACCATTTGGAGAGCAAATAAAAGTGAGGACGAGGTTAAGGTTGACTGTTCTGTGTAGAGAGCTTCAGGGAAGGATTGTTCTCTGGGTTCAGGGAGCCAGCTGAACCTAAAGGAAAAGGCTAAAGAAGCTGAAGAGAAGGAGGAGGACCTGTGAACCAGAGATGCTCAGCCATTATTAGCAAGGAAATACAAGAGAGCCCCTGTGTGCAGTGGTGACTACTCATGCAAAATGTCACACAGCCAATATTTAACACAGCCAGGATTTCACACAGCCAATATTTATTAGTGACATAGAATATATTTGTTATTGCTCTAGGTCATGAGAATGGAGTGACAAAATGAATCCGGTCGCCATCAGTATATGCCACATAACATTTTGCAGTGACTGTGTGCCAGGCCTATGAATTTCAGTATTCAATTTCAATAATGATCCTGTTGTATCTGTGGTATTTAAAAACATATACATCTCTGTAATCTAAAATTGAGAGGTTATAAGTAAAACCCAGTATTACAAATTTAGTGCTGGAAATTGATTGCAGTTTAAATCTGAGCATATAGAAAGTCCCTTTCTTCTATGTCAGCAGATGCCTTTTGTGTGAGGTTTAGGTATACTGCATTATTAGACATAAACCAGTGTTTCTGCCCTATGTTTTCAGAATGACAATTCTTTATGAAACTAATAGAAGAACAGAAGACAATTGCAAAATCATGATGAAGATACTAATTGCTTTAGAATTAAGGAATACAAATAATGTGAGCTGCAGTTATAGGGATCAAAAAAGTTACAATGGGAATGTATTTGAGTGTTTATTATGTGATCAGTGCTAAGAAGTGTCATCATTTAATTTTACACTTAACAGTAATCCTGTGAGGATTATGCTATTATTAAATGCACTTGATACATTACAAAAAGGCTTATGGTTGATATAAATTGACCCAAGTAGAAGAGATCATGTTTTTATTCAGGTTTTCTGATTCTAGAGTTTGAGAGTTTGACCATCATTAGTGAGTAGTGACTATATTGTGTCTGAATTATTGACAGAATTTCTGATATTCATATGTACCAGGTTGTTTCTTAGAGTGGGAGCAGAGATGCAAGGGCTGCTAGTTCCGATGTGTAGGAGAAACTATCATTCATTTTGCATTTATCATTTTAAACGTTCTATATGTCTATCCTGGGCATGTGTTGAAGAACACAAGGAAGTATTAAATCACTCCTTCTTCTGAAGTTTGACTGGCAAAATTGGGCTAGAGTTACGAAATAAAATACAGGTTCCTAGTGAAATCTGAATTTCAGATACACAACCATAATTTATTGGAAATCCAAATTTAACTGGATATCTTCTATTATTCTCTGTTCTAGAACTCCACACTTCTAACATTTCTCATTCCTGTCTAAGCTCTTGTGTGTTTGGTTTTTGGCCATCGCTTTCACTGCTCTTTAAGCTCCCCCAGTAGAGTGGAGAGGTCTGTTTTCCCTCGTTTGGATTCCTACAGGCAGCGCAGGCCTGGCACAAGGTCATCACTAAGGAAGTGTTCACAGGGTGAAGGCGGTGGGTGCTGTTGAAGGAACCGGTAAAGCCTGTGGGATGAGAGAAGGAGCAGAGAGTGTTTTTGGGGTGGAGGCTCCCAGGAGGAGGCGGGACGGGCTGCGGTGCTGGGCGGATCCTCCTCCAGCTCCTGCTTGGAGGTCTCCAGAACAGGCTGGAGGCAGGGAGGGGGTCCCAAAAGCCTGGGGATGAGAAGGGGTTTTCCCGCATGGTCCCCCAGGCCCCCGTTCGCCTCAGGAAGACGGAGGATGAGCTCCTGGGCTGCTGGTGGTGGGCGTTGCGGGTGGGGCCGGTTAAGGTTCCCAGTGCCCGCACCCTGCCCAGGGAGCCCCGGATGGTGGCGTCGCTGTCAGTGTCTTCTCAGGAGGCTGCCCGTGTGACCGGATCCTTCGTGTCCCCACAGCACGTTTCTTGTGGCAGCTTAAGTTTGAATGTCATTTCTTCAATGGGACGGAGCGGGTGCGGTTGCTGGAAAGATGCATCTATAACCAAGAGGAGTCCGTGCGCTTCGACAGCGACGTGGGGGAGTACCGGGCGGTGACGGAGCTGGGGCGGCCTGATGCCGAGTACTGGAACAGCCAGAAGGACCTCCTGGAGCAGAGGCGGGCCGCGGTGGACACCTACTGCAGACACAACTACGGGGTTGGTGAGAGCTTCACAGTGCAGCGGCGAGGTGAGCGCGGCGCGGGGCGGGGCCTGAGTCCCTGTAAGCGGAGAATCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGAAAGAGAGAGAGCGCGCCATCTGTGAGCATTTAGAATCCTCTCAATCCCCAGCAAGCAGTTCTGAGAGCACAGGTGTGTGTGTAGAGTGTGGATTTGTCTGGGTATGTCTGTTGTGGGAGGGGAGGCAGGAGGGGGCTGATTCTTATCCTTGGAGACCTCTGTGGGGAGGTGACAAGGGAGGTGGGTGCTGGGGGCTGGAGAGAGAGGAGACCTTGATTGTCTCGGGTCCTTAGAGATGCGGGGAAGGGAAATGTAAGGGGTGTGTGATTGGGGTGAAGGTTTAGGGGAGGACTGCTGAGGGGTAAGGAAGGTTTGGGATAATGTGAGGAGGCCGGTTCCAGACTCTCCCTGGCATACACCCTTCGTGTAATCTCTGAAATAAAAGTGTGTGCTGTTTGTTTGTAAAAGCATTAGATTAATTTCTAGAGGAACTGAGTAGACCTCTGAGGCACTCCTGAAGCTTCTTTATATCTAAATTTCTTGCTAGTTTTTTGGGTTTTTTTAGTGTGTATATTTTTACATAGTAGAAATGACTGTGAAACTAACTTTTTGAATTAAAGTTTTAACACAGTTACTATTTTATTATAATGCTAGTTTTCTAGTAGTTACATATTATTCTTTTATATATAATAGTTATGACACAACTCACCTCACTTTCCCCTTTGTTGACCTTTATTATGACATTCACCAAAAGTTGAAAATGTATGTTTCTGGTTAATTTTTAATTTATATTTTTTATTTGTAATTGCTTTGAATTATTTTGACCTATTTATTGGCGGATTATAATTATTGCTCTAAGAATTCCCTATTGTATTTGGTAGGCAATGGACAATGATCTATGGTCTGATATCTTGAGGGCTTAGTATTTTTCTCAGTGACTTTGTGGGTTCTTTGTGCTATAAGATTATTAACACTTTATTGATATTTGATCCAGCATTTGCTTCAGTTTGTGGTTTGTATGTGGATTTTGAAAGTTCTTTTCCATGTTAAGAATTTGAACTTTTTATTTAATAAAATATATTGCAAAATTTTTATTAATGATTTACAATCCATCTTAAATCTGCCATTTTGTGGCATTGTTGTCTCCAGGTTCCTCCTTACTTCTAAAAAAAATAGTTGTATTTATTGAGAGTATGCTAGTGTTGGGGATTTTCCTGGGCATAAGCACCCCAAGTAACAAGTCCCAGACACTGCCTTAATCCAAATGTGACTCTGGAAAGAAAAATCATTTTACAATGATAGGCCTAATAATAATTATGCTTGTGTTACACGGGAGATGCATTGATCAGCTAAATGTAAATATAAGAACTTTCAAAACTAAAATGACATTCCCTAATCCTTTTCTCTGCTTCGGGACTCATGCTTTTCTAGGAACGTAAAAATTTGGAGAATCATTTCTGTCTGTCCCACATTCCCAGGGGCAGAACAATTTCTGTTTTGTTCTAAGGTGTGAGTGCATGGCAGTAGTATTCCTAAAATTCATACTCGGTTTCCTCATGTACCCAATTCTGTCCCTTTATCTATGCATATTTCTTTAAATCATATTTTTCTGTCATGGGGTACAAGGATGATAAATAGGTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGATGAGCGCCCTCACAGTGGAATGGAGTGAGAAGCTTTCTGACCTTATAAACTGAAGGCTATCTTCAGTCATTGTTTTATATATTTTACATGCATTAATCCTCATATAACCCCAAGAGGTAAATTAGTATAATTATCCTTCATTGTAGGTGACAAAGTTGAGACACAGAAGAATCAAAAAACTCTTCCAGGATCAACCAGTAAAAGGCAGACCTTGGATTCGAACCAAGCAACCTGGCTCAAATATCAGTTTTAATTACTACACTCTATACTTTCCAAGATTTGTAAACAGTTTGACAATGCATGCCAATTTAAAGCTATGAAGAAACAAACACAATTTTTCACAACACCTCTCAAATCTAATGGGTCCTCACTGTCAAGATTAAATTCCAGGCTGATGACACTGTAAGGTCACATGGCCAGCTGTGCTATAGGCCTGGTCAAGGTCAGAGCCTGGGTTTGCAGAGAAGCAGACACACAGCCAAACCAGGAGACTTACTCTGTCTTCCTGACTCATTCTCTCTACATTTGTTTTCTCCTAGTTGAGCCTAAGGTGACTGTGTATCCTTCAAAGACCCAGCCCCTGCAGCACCACAACCTCCTGGTCTGCTCTGTGAGTGGTTTCTATCCAGGCAGCATTGAAGTCAGGTGGTTCCGGAACGGCCAGGAAGAGAAGGCTGGGGTGGTGTCCACAGGCCTGATCCAGAATGGAGATTGGACCTTCCAGACCCTGGTGATGCTGGAAACAGTTCCTCGGAGTGGAGAGGTTTACACCTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGACGAGCCCTCTCACAGTGGAATGGAGTGAGCAGCTTTCTGACTTCATAAATTTCTCACCCACCAAGAAGGGGACTGTGCTAATCCCTGAGTGTCAGGTTTCTCCTCTCCCACACCCTATTTTCATTTGCTCCATGTTCTCATCTCCATCAGCACAGGTCACTGGGGGTAGCCCTGTAGGTGTTTCTAGAAACACCTGTACCTCCTGGAGAAGCAGTCTCACCTGCCAGGCAGGAGAGACTGTCCCTCTTTTGAACCTCCCCATGATTTCGCAGGTCAGGGTCACCCACTCTCCCCAGGCTCCAGGCCCTGCTTCTGGGTCTGAGACTGAGTTTCTGGTGCTGTTGCTCTGAGTTATTTTTTGTGATCTGGGAAGAGGAGAAGTGTAGGGGCCTACCTGACATGAGGGGAATCCAATCTCAGCCCTGCCTTTTATTAGCTCTGTCACTCTAGACAAACTACTTAGCTTCATTGAGTCTCAGGCTTTCTGTTGATCAGATGTTGAACGCTTGCCTTACATCAAGGCTGTAATATTTGAATGAGTTTGATGTCTGAACATCGTAACTGTTCAGCGTGATTTGAAATCCTTTTTTTCTCCTGAAATGGCTAGTTATTTTAATTCTTGTGGGGCAGGCTTCTGCCCCATTTTCAAAGCTCTGAATCTTAGAGTCTCAATTAAAGAGGTTCAATTTGGAATAAGCATCACTAAACCTGGATTCCTCTCTCAGGAGCACGGTCTGAATCTGCACAGAGCAAGATGCTGAGTGGAGTCGGGGGCTTCGTGCTGGGCCTGCTCTTCCTTGGGGCCGGGCTGTTCATCTACTTCAGGAATCAGAAAGGTGAGGAGCCTTTGGGAGCTGACTCTCTCCATAGGCTTTTCTGGAGGAGGAACCATGGTTTTGCTGAGAGGTTAGTTCTCAGTATACGAGTGGCCCTGAATAAAGCCTTTCTTTCCCCAAACGGCTCTAATGTCCTGCTAATCCAGAAATCATCAGTGCATGGTTACTATGTCAAAGCATAATAGCTTGTGGCCTGCAGAGACAAGAGGAAGGTTAACAAGTAGGGGTCCTTTTGTTTGAGATCCTGGAGCAAATTAAGGAAGAGCCACTAAGGCTAATGGAATTACACTGGATCCTGTGACAGACACTTCAGGCTTCATGGGTCACATGGTCTGTCTCTGCTCCTTTCTGCCCCTTTCTGCCCTGGTTGGTGCGGGTTGTGGTGTTAGAGAAATCTCAGGTGGGAGATCTGCGGCTGGGACATTGTGTTGGAGGACAGATTTGCTTCAATAACTTTTAAGTGTATTTCTTTTCCTCTTTTTCCCAGGACACTCTGGACTTCAGCCAACAGGTAATACCTTTTAATCCTCTTTTAGAAACAGACACAGTTTCCCTAGTGAGAGGTGAAGCCAGCTGGACTTCTGGGTGGGGTGGGGACTTGGAGAACTTTTCTTACAAGAGGTTTCTAAATGCCCCAATCAGTGCTTTGTAAAAACACACCAATAGGTTCTCTGTGGCTAGCTGGATGTTTGTAAAATGGACCAATTTGCACTCTGTAAAATGGACCAATCAGCATTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTTTTAAAATGGGCCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCTGCAGGACATGGGCAGGGACAAATACAGGAATAAAAGCTGGCCACCCCAACCAGCAGTGGCAACCCACTCAGGTCCTCTTCCCTGCTGTGGAAGTTTTGTTCTTTTGATCTTCACAATAAATCTTGCTGCTGCCTACTCTTTGGGTCCCTGCCGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCACTGTGAAGGTCTGCTTGAAGTCAGCGAGACCACAAACCCACTGGAAGGAACAAACTGCGGACACACTAGAATGATGGTAGAGGTGATAAGGCATGAGACAGAAATAATAGGAAAGACTTTGGATCCAAATTTCTGATCAGGCAATTTACACCAAAATTCCTCCTCTCCACTTAGAAAAGGGCTGTGCTCTGCGGGACTATTGGCTCAGGGGAGACTCAGGAACTTGTTTTTCTGCTTCCTGCAGTGCTCTCATCTGAGCCCTTGAAAGAGGAGAAAAGAAACTGTTAGTAGAGCCAGGTTGAAAACAACACTCTCCTCTGTCTTTTGCAGGATTCCTGAGCTGAAATGCAGATGACCACATTCAAGGAAGAACCTTCTGTCCCAGCTTTGCAGGA"

aligner = Align.PairwiseAligner()
aligner.match_score = 2
aligner.mismatch_score = -3
aligner.open_gap_score = -5
aligner.extend_gap_score = -2
aligner.query_right_open_gap_score = 0
aligner.query_left_open_gap_score = 0
aligner.query_right_extend_gap_score = 0
aligner.query_left_extend_gap_score = 0
alignments = aligner.align(ref_seq, query_seq)  # <= this is where the MemoryError occurs

for a in sorted(alignments):
    print(a)

这是 Windows 10 上的 Python 3。Biopython 版本是 1.72。

编辑：这是追溯：

Traceback (most recent call last):
  File "C:/foo/temp.py", line 15, in <module>
    alignments = aligner.align(ref_seq, query_seq)  # <= this is where the MemoryError occurs
  File "C:\Program Files (x86)\Python36\lib\site-packages\Bio\Align\__init__.py", line 1352, in align
    score, paths = _aligners.PairwiseAligner.align(self, seqA, seqB)
MemoryError: Out of memory

Answer 1

在您的情况下，aligner.align() 调用导致MemoryError，这可能是由于早期 Biopython 版本中的内存泄漏（因为核心代码是用 C 编写的，而不是 python）。这个问题已经在 Biopython 之后的版本中修复了，所以解决的办法是把 Biopython 升级到最新版本（现在是 1.77）。

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在其他情况下，sorted(alignments) 可能是原因。您在内存中创建所有对齐的列表，该列表可能很大。您可以致电print(len(alignments)) 提前查看此潜在列表的大小。

由于alignments 是一个惰性 迭代器，您只需1 对1 个for a in alignments: 的对齐方式进行迭代，从而解决您的内存问题，但我仍然不建议将它们全部打印出来。也许你只想要第一个对齐first_alignment = next(alignments) 或第一个说10 对齐：

import itertools

for a in itertools.islice(alignments, 10):
    print(a)