是否可以将 Biopython 中的 Tree 对象转换为 Newick 格式？答案

【问题标题】：Is it possible to convert the Tree object in Biopython to Newick format?是否可以将 Biopython 中的 Tree 对象转换为 Newick 格式？
【发布时间】：2015-09-03 13:01:56
【问题描述】：

我使用了 Bio.Cluster 的 treecluster，它生成了一个 Tree 对象。我正在聚类一个基因表达矩阵。如果需要，我想要一种简单的方法来遍历这棵树并添加一些额外的功能（一些额外的信息，如我想要的每个节点的 p 值或术语名称）。我发现这种工作的一个很好的包是 ete2，但这需要树作为 Newick 字符串。

是否有可以将 Tree 对象转换为 Newick 的函数，或者您知道比 ete2 更好的方法吗？

提前致谢， L.

【问题讨论】：

标签： cluster-computing biopython

【解决方案1】：

Bio.Cluster.Tree 转为 newick 格式，示例：

输入文件cyano.txt github

基因 0 15 分钟 1 小时 6 小时 15 小时 sll0617 0.0 -0.141164092921 -0.564656371686 -0.219393769051 -0.582969948517 slr0452 0.0 -0.124988599702 -0.499954398807 0.195680498436 0.0781478593432 slr1513 0.0 0.788547158236 0.228594792282 0.255819396258 0.304823683415 sll1471 0.0 -0.770355431265 -1.10115338201 -1.00607440632 -0.834932250086 sll1694 0.0 -0.328239937586 -2.16037133914 -1.184544471 -1.36760041273 sll0430 0.0 2.57611845993 0.920296714116 0.331897478085 0.353984672049 sll0851 0.0 -0.260488607867 -1.04195443147 -0.870951657169 -0.563146663432 sll1260 0.0 0.488375211397 1.03336768086 1.05808458732 1.10257501897 sll1031 0.0 2.22636090218 1.2737708006 1.22441048661 1.13556192142 ......

在python (view example source) 中使用treecluster

from Bio import Cluster
handle = open("cyano.txt")
record = Cluster.read(handle)
handle.close()
genetree = record.treecluster(method='s')
genetree.scale()
exptree = record.treecluster(dist='u', transpose=1)
record.save("cyano_result", genetree, exptree)

这将创建文件cyano_result.cdt、cyano_result.gtr 和cyano_result.atr

现在，我们可以使用R 和 Bioconductor 将 atr 转换为 newick

安装最新版本的R，然后通过启动R并输入命令获取最新版本的Bioconductor

#optional, for install bioconductor and ctc library
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite("ctc")

#code to convert atr to newick
library("ctc")
h <- xcluster2r("cyano_result.atr")
write(hc2Newick(h),file='cyano_result.newick')

在cyano_result，我们得到：

(1:0.356996468574314, (2:0.0826361905178331, (5:0.0469498559561281, (3:0.513417484951725,4:0.513417484951725) :0.0469498559561281) :0.0826361905178331) :0.356996468574314);

得到下面的情节

【讨论】：