Traminer 替换成本答案

【问题标题】：Traminer substitution costTraminer 替换成本
【发布时间】：2015-02-18 14:25:51
【问题描述】：

我对转换成本矩阵有一个逻辑问题。我正在使用 R 包 Traminer 处理序列差异。

我试着给你一个简单的例子（很简单，但我希望对解释我的问题有用）：

有三个序列，我想计算相异矩阵。字母表是：H（健康）、I（在家生病）、IH（在医院生病）、D（死亡）

我观察了 3 个对象进行了 5 次观察。这些是序列：

H – H – I – D – D 
H – I – I – I – D 
I – I – H – IH – IH

替代成本矩阵是一个 4x4 表（状态 x 状态）。它必须是对称的？这是我的逻辑问题：虽然可以从状态 H、I 或 IH “过渡”到状态 Died，但相反是不合逻辑的。

我可以在 TraMineR 中使用非对称替换成本矩阵吗？

如果在我的数据库中，从状态“I”到“D”的替代成本（例如，用sm = "TRATE" 计算）低于（0.5）从状态“I”到“IH”的替代成本（ 0.6) , OM 算法将“I”替换为“D”而不是“HI”。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

不应将转换率（估计的转换概率）与替代成本混淆。替代成本应该反映各州之间的差异。

转换率矩阵（由seqtrate 返回）不是对称的。

用于计算最佳匹配距离等距离的替代成本必须是对称的。否则，结果将不是距离矩阵，并且将这样的非对称矩阵输入到例如聚类过程中会导致意外结果。

从过渡率推导出替代成本只是定义替代成本的几种可能性中的一种。假设 $p(i|j)$ 是从 $j$ 转移到 $i$ 的概率，它包括将替代成本定义为

$c(i,j) = 2 - p(i|j) - p(j|i)$

【讨论】：

谢谢吉尔伯特！你很有帮助。由于我的工作是说明性的，我将使用一个使用这些参数的度量（即 method = "TRATE"）和另一个基于长度的 (LCS)，然后比较结果。

【解决方案2】：

在我看来，您正在寻找自定义成本矩阵。不强制使用TRATE 或CONSTANT 方法。

要创建自定义矩阵，您只需执行以下操作：

myscm <- matrix(c(0,1,2, 
                  1,0,2, 
                  2,2,0), nrow=3, ncol=3) 
dist.om <- seqdist(my.seq, method="OM", sm=myscm)

myscm 是您的自定义矩阵

我相信你有两个选择：

1) 为所有转换和完整的自定义矩阵创建一个基本原理

2) 获取您已经生成的转换矩阵（使用 seqsubm(your.seq, method = "TRATE") ）并仅更改不一致的值。这就是我在上次分析中所做的。

但请记住吉尔伯特在An "asymmetric" pairwise distance matrix 中提出的观点

【讨论】：

感谢佩德罗·布拉兹！ “基本原理”方式非常困难，因为我无法对州进行排序/排名（即相关性排名或重要性级别）（如 Holliste 2009 年的研究）。我试图修复我的转换矩阵，将两个单元格之间的单元格设置为最高值，实际上不可能存在（比如从“死亡”到“在医院生病”的转换）。但我正在研究 Studer & Richard (2014) “序列差异测量的比较回顾”。我怀疑这个（任意）程序不会满足三角不等式。
您确实可以定义一个自定义的非对称矩阵。但是，您如何处理这样的矩阵？ TraMineR 的 seqdist 函数需要 OM 的对称替换成本矩阵。如果不是，您将获得不可预测的结果，因此是不可靠的。