我正在处理 .dcm 图像（dicom 图像）
在我的例子中，有 152 个 2D 图像切片。
我使用https://www.raddq.com/dicom-processin... 链接进行分段。分割后，我在该分割区域上使用了感兴趣区域（ROI）。
现在我有参数 x、y、w、h 和从 ROI 获取的裁剪图像。
我想使用带有 python 的 VTK 库以 3D 形式可视化这些分段数据。
有没有办法可视化这些数据。我很困惑vtk的功能和参数是什么。
【问题讨论】：
标签： python-3.x image-processing vtk pydicom
查看该工具，分割的输出存储为一个 numpy 数组。为了使用常见的图像可视化工具，您需要将该数组存储为更通用的 3D 格式。
您可以使用SimpleITK 或itk-python 将numpy 数组导入ITK 图像。您可以在此处找到具体的操作方法并将结果存储到文件中：https://itkpythonpackage.readthedocs.io/en/latest/Quick_start_guide.html#mixing-itk-and-numpy。
您保存的文件中将缺少的一件事是有关图像的几何信息。解决此问题的最简单方法可能是首先将输入的 DICOM 图像系列转换为 3D 格式（您可以使用 dcm2niix 执行此操作，将结果卷存储为 NIfTI），使用上述 SimpleITK 或 itk 将该卷加载到 Python 中- python，它还将为您提供将加载的图像导出到 numpy 数组的选项。如果您从该数组开始进行分割任务，则分割 numpy 数组中的体素排列将与图像 numpy 数组中的相同。因此，当您将 numpy 数组导出到 SimpleITK 或 itk-python 图像时，您可以复制图像几何体以初始化分割几何体（您将需要使用 Get/SetDirection、Get/SetSpacing 和 Get/SetOrigin）。
存入文件后，可以使用3D Slicer等工具加载原始DICOM图像系列，叠加分割结果。
不幸的是，这是很多步骤，我知道这会造成混乱。但希望它能帮助您入门！
【讨论】：
除了@user3216191 的建议，你还可以看看itkwidgets：
https://github.com/InsightSoftwareConsortium/itkwidgets
它是一个 Python 包，可让您在 Jupyter 笔记本中体积渲染 3d 图像。它可以将 ITK 图像、numpy 数组或其他一些 3d 图像格式作为输入。它还会以 VTK 或 ITK 网格格式渲染 3d 网格。
我不知道它是否会体积渲染您的原始图像和分割。因此，您可以提取分割的等值面并将其与原始图像的体积渲染一起显示。
【讨论】：