从嵌套目录中读取 .dcm 文件答案

【问题标题】：Reading .dcm files from a nested directory从嵌套目录中读取 .dcm 文件
【发布时间】：2018-03-03 23:31:40
【问题描述】：

这是我嵌套目录的形式：

/data/patient_level/study_level/series_level/

对于每个 patient_level 文件夹，我需要从相应的“series_level”文件夹中读取“.dcm”文件。

如何访问“series_level”文件夹中的“.dcm”文件？

我需要 DICOM 对象的 3 个特征。

这是我的源代码：

import dicom
record = dicom.read_file("/data/patient_level/study_level/series_level/000001.dcm")
doc = {"PatientID": record.PatientID, "Manufacturer": record.Manufacturer, "SeriesTime": record.SeriesTime}

然后，我会将这个文档插入到 Mongo DB 中。

感谢任何建议。提前致谢。

【问题讨论】：

欢迎来到 StackOverflow！阅读how to ask a question（尤其是how to create a good example）以获得回复。你也可以take the tour。
当您说“每个患者级别文件夹”时，这究竟是什么意思？有什么方法可以运行tree 之类的东西来显示所有目录的结构（从数据开始）？
@DeliriousLettuce 我的意思是“数据”，有不同的子文件夹，每个文件夹对应一个“患者研究”。在“patient_study”文件夹中，有不同的子文件夹（不是一个），每个子文件夹对应一个系列。
@DeliriousLettuce 基本上，我试图解释的是有多个患者信息，每个都有多个研究信息，每个都有多个系列信息。我正在尝试一种可以递归捕获所有系列级别子文件夹中的所有 .dcm 文件的方法。

标签： python directory pydicom

【解决方案1】：

我们不确定您要解决什么问题或询问我们，但如果您只想从 data 目录中获取所有 *.dcm 文件的列表，您可以使用 Python 3 的 pathlib.Path轻松：

from pathlib import Path
data = Path('/data')
list(data.glob('**/*.dcm'))

【讨论】：

没有。您将获得完整路径，然后您可以使用路径组件将它们分解。
像'/patient_level/study_level/series_level/000001.dcm'.split('/') 这样的东西会给你每个路径项目的耐心_级别、学习级别、系列级别信息。无论如何，这只是一个想法。