一篇科学论文的 R“统计”引用

Question

我使用 R 包“stats”（版本 2.15.3）分析了我的数据。一位审阅者问我这个包的正确引用，而不仅仅是常见的

R 核心团队 (2012)。 R：统计计算的语言和环境。 R 统计计算基金会，奥地利维也纳。 ISBN 3-900051-07-0，网址http://www.R-project.org/

有人知道我在哪里可以找到有效的引文插入我的论文吗？ 谢谢

Answer 1

审稿人错了：

 citation("stats")

The ‘stats’ package is part of R.  To cite R in publications use:

  R Core Team (2013). R: A language and environment for statistical computing. R
  Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0, URL
  http://www.R-project.org/.

A BibTeX entry for LaTeX users is

  @Manual{,
    title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing},
    author = {{R Core Team}},
    organization = {R Foundation for Statistical Computing},
    address = {Vienna, Austria},
    year = {2013},
    note = {{ISBN} 3-900051-07-0},
    url = {http://www.R-project.org/},
  }

We have invested a lot of time and effort in creating R, please cite it when
using it for data analysis. See also ‘citation("pkgname")’ for citing R
packages.

Answer 2

正如hrbrmstr 所指出的，创建仅已加载 包的引用列表的函数会派上用场。由于他只向我们展示了一个示例而不是函数，我自己编写了一个，我经常在科学分析和论文中使用它（有时与 R Markdown 结合使用）。

citations <- function(includeURL = TRUE, includeRStudio = TRUE) {
    if(includeRStudio == TRUE) {
        ref.rstudio <- RStudio.Version()$citation
        if(includeURL == FALSE) {
            ref.rstudio$url <- NULL;
        }
        print(ref.rstudio, style = 'text')
        cat('\n')
    }

    cit.list <- c('base', names(sessionInfo()$otherPkgs))
    for(i in 1:length(cit.list)) {
        ref <- citation(cit.list[i])
        if(includeURL == FALSE) {
            ref$url <- NULL;
        }
        print(ref, style = 'text')
        cat('\n')
    }
}

所以，比如跑完之后

library(readr)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(knitr)

函数 citations() 将打印：

RStudio 团队（2016 年）。 RStudio：R 的集成开发环境。 RStudio, Inc.，马萨诸塞州波士顿。 http://www.rstudio.com.

R 核心团队 (2017)。 R：统计计算的语言和环境。 R统计基础 计算，维也纳，奥地利。 https://www.R-project.org.

谢毅 (2016)。 knitr：用于在 R 中生成动态报告的通用包。 R包版本1.15.1，http://yihui.name/knitr.

谢毅 (2015)。 带有 R 和 knitr 的动态文档，第 2 版。佛罗里达州博卡拉顿的查普曼和霍尔/CRC。 国际标准书号 978-1498716963，http://yihui.name/knitr。

谢毅 (2014)。 “knitr：R 中可重复研究的综合工具。”在 Stodden V、Leisch F 和 Peng RD (eds.)，实施可重现的计算研究。查普曼和霍尔/CRC。国际标准书号 978-1466561595, http://www.crcpress.com/product/isbn/9781466561595.

威克姆 H (2009)。 ggplot2：用于数据分析的优雅图形。施普林格出版社纽约。国际标准书号 978-0-387-98140-6, http://ggplot2.org.

威克姆 H 和弗朗索瓦 R (2016)。 dplyr：数据操作语法。 R包版本0.5.0，https://CRAN.R-project.org/package=dplyr.

Wickham H、Hester J 和 Francois R (2016)。 readr：读取表格数据。 R包版本1.0.0，https://CRAN.R-project.org/package=readr.

Answer 3

在我们最近的book 中，我和我的合著者做了 R 引文（在frontmatter 中），但也让出版商让我们也给予每个包的功劳：

我们认为重要的是要确保那些完成工作的人一直得到赞誉。

（我只做了一个评论，但不能以这种方式轻松嵌入 pix，并且 rly 不想在某处托管 img。）

Answer 4

现在有一个方便的grateful 包：

Thanks 的目标是让引用 R 包变得非常容易 用于任何报告或出版物。通过调用单个函数，它 将扫描项目中使用的 R 包并生成一个文档 所需输出格式（Word、PDF、HTML、Markdown）的引用。 重要的是，这些参考文献可以针对特定期刊进行格式化 这样我们就可以直接将它们粘贴到 我们的手稿或报告。

https://github.com/Pakillo/grateful

如果加载了包stats，可以通过运行获取引用：

library(grateful)
cite_packages()

——假设grateful已经通过运行安装：

library(devtools)
install_github("Pakillo/grateful")

Answer 5

我喜欢MS Berends 的解决方案，但想要一个带有类似this answer 的版本号的表格。我还想摆脱format(citation(pkg), style = 'text') 产生的降价，这样我就可以轻松地复制粘贴到 MS Word 中。

require(pacman)
require(gt)
require(stringr)
require(dplyr)
get_package_citation_table <- function(){
  appendix_packages <- data.frame(Package = character(),
                                  Version = character(),
                                  Maintainer = character(),
                                  Citation = character())
  
  for (pkg in p_loaded()){
    appendix_packages <- appendix_packages %>% add_row(
      Package = pkg,
      Version = as.character(packageVersion(pkg)),
      Maintainer = maintainer(pkg),
      Citation = format(citation(pkg), style = 'text')
    )
  }
  appendix_packages <- appendix_packages %>% 
    add_row(
      Package = "RStudio",
      Version = as.character(RStudio.Version()$version),
      Maintainer = "",
      Citation = format(RStudio.Version()$citation, style = "text") 
    ) %>%
    add_row(
      Package = "R",
      Version = paste(version$major,version$minor, sep="."),
      Maintainer = "",
      Citation = format(citation(), style = "text")
    )
  
  appendix_packages %>%
    mutate( Citation = Citation %>% # strip out the markdown
              str_replace_all("_","") %>%
              str_replace_all("[*]", "") %>%
              str_replace_all("<URL:", "") %>%
              str_replace_all(">","")) %>% 
    arrange(Package)
  
}

t<- get_package_citation_table() 
t %>% gt()