ggplot2 geom_smooth中黄土的基本设置是什么？答案

【问题标题】：What is the basic setting for loess in ggplot2 geom_smooth?ggplot2 geom_smooth中黄土的基本设置是什么？
【发布时间】：2016-09-30 06:53:20
【问题描述】：

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x = c(324, 219, 406, 273, 406, 406, 406, 406, 406, 168, 406, 273, 168, 406, 273, 168, 219, 324, 324, 406, 406, 406, 273, 273, 324, 324, 219, 273, 219, 273, 273, 324, 273, 324, 324, 406, 219, 406, 273, 273, 406, 219, 324, 273, 324, 406, 219, 324, 219, 324, 324, 406, 406, 406, 324, 273, 273, 219, 219, 324, 273, 324, 324, 219, 324, 219, 324, 219, 219, 324, 273, 406, 406, 273, 324, 273, 273, 219, 406, 273, 273, 324, 324, 324, 324, 324, 406, 324, 273, 406, 406, 219, 219, 324, 273, 406, 324, 324, 324, 324) 
y = c(68,121,NA,87,NA,17,20,15,17,146,25,91,141,24,88,143,120,63,62,16,21,20,83,88,65,63,124,88,120,91,85,65,91,63,69,23,115,23,87,90,20,120,65,90,65,20,120,60,110,60,17,20,20,20,68,80,87,124,121,65,85,67,60,115,60,120,66,121,117,68,90,17,23,90,61,80,88,121,NA,91,88,62,60,70,60,60,27,76,96,23,20,113,118,60,91,23,60,60,65,70)

data = data.frame(x,y)

我使用ggplot2 和函数geom_smooth() 创建以下图形。我使用了代码：

g = ggplot(data, aes(x,y)) + 
  geom_point() + 
  geom_smooth(method="loess") + 
  geom_smooth(method="lm", col="red")

我的数据包含变量 x（只有 9 个值）和 y（公制）。现在我想添加使用代码计算的loess方法的投影点：

loes = loess(data$y ~ data$x)
RR = sort(unique(predict(loes)), decreasing=TRUE) # y coordinates
LL = unique(x, fromLast=TRUE) # x coordinates

现在我将这些投影点添加到我的绘图中。

  g + geom_point(aes(y=RR[1], x=LL[1]), col="blue", size=2, shape=18) + 
  geom_point(aes(y=RR[2], x=LL[2]), col="blue", size=2, shape=18) +
  geom_point(aes(y=RR[3], x=LL[3]), col="blue", size=2, shape=18) +
  geom_point(aes(y=RR[4], x=LL[4]), col="blue", size=2, shape=18) +
  geom_point(aes(y=RR[5], x=LL[5]), col="blue", size=2, shape=18)

为什么ggplot中的蓝点不在蓝色黄土线上？ loess-method 使用的代码是否与 R 中的标准 loess-function 不同？

信息：对于我的超过 8000 次观察的原始数据，没有伪逆警告，但问题是一样的。

Example Image

【问题讨论】：

How to make a great R reproducible example?
@Axeman：我的数据集有大约 8.000 个观察值，我不允许发布数据。如果我只添加几个蓝点似乎就行了。如果您有更清晰的建议，请告诉我。
您阅读了链接吗？它讨论了一大堆策略，以在不共享（所有）我们的数据的情况下给出一个可重复的示例。如果您使用?geom_smooth 中的示例之一，是否会发生这种情况？
-1 @Axeman：您不必立即降级，但可以。现在它应该是可重现的，即使有奇点问题，这不应该是这里的问题。
geom_smooth的帮助说它使用loess的默认设置，所以点应该在蓝线上。

标签： r ggplot2 loess

【解决方案1】：

错误在以下几行：

loes = loess(y ~ x, data = data)
RR = sort(unique(predict(loes)), decreasing=TRUE) # y coordinates
LL = unique(x, fromLast=TRUE) # x coordinates

预测是使用相同的函数进行的，但是是无序的。您应该使用newdata 将预测与预测变量适当地匹配。

g = ggplot(data, aes(x,y)) + 
  geom_smooth(method="loess", color = "red") 

RR <- predict(loes, newdata = data.frame(x = unique(x)))

g + annotate("point", x = unique(x), y = RR)

显示平滑线上的点：

【讨论】：