【发布时间】:2019-01-17 14:49:03
【问题描述】:
我是一名高阻隔橡胶材料的研究员。通过使用 Materials Studo 软件,我遇到了 Perl 的一些问题。我无法理解 Perl 错误的含义。
这是 Perl 脚本及其错误
#!perl
use strict;
use Getopt::Long;
use MaterialsScript qw(:all);
for ( my $RxnRadius = my $MinRxnRadius; $RxnRadius <= my $MaxRxnRadius; $RxnRadius += 0.5 ) {
my $xsdNameDist = sprintf( "%s_R%.2f", my $rootName, $RxnRadius ); #rename the new structure;
if ( $RxnRadius > $MinRxnRadius ) {
my $doc->Name = $xsdNameDist . "_init";
ForciteGeomOpt( $doc, 20000 ); # run 20000 steps of Geometry Optimization
my $results = ForciteDynamics( $doc, my $steps, "NPT" );
$results->Trajectory->Delete;
}
for ( my $iteration = 1; $iteration <= my $IterationsPerRadius; $iteration++ ) {
my $doc->Name = $xsdNameDist . "_" . $iteration;
my $numBonds = createNewXlinks( $doc, $RxnRadius );
my $reactedOligomerAtoms = 0;
foreach my $atom ( @{ $doc->UnitCell->Atoms } ) {
my $oligomerReactiveAtom;
$reactedOligomerAtoms++ if ( $atom->Name =~ /^$oligomerReactiveAtom-\d/ );
}
my $conversion = 100 * my $totalOligomerAtoms;
( $reactedOligomerAtoms / $totalOligomerAtoms );
if ( $numBonds == 0 ) {
last;
}
optimizeAndPerturb( $doc );
my $rowCounter;
xlinkStatistics( $doc, $RxnRadius, $rowCounter );
maxBondEnergy( $doc, $RxnRadius, $rowCounter ) if ( my $UseMaxBondEnergy );
my $analysis_doc = Documents->New( "analyze.xsd" );
$analysis_doc->CopyFrom( $doc );
my $analyzeDuration;
my $timeStep;
my $steps = ( $analyzeDuration * PICO_TO_FEMTO / $timeStep );
my $freq = int( $steps / 20 ); ### line 56
my $results = Forcite Dynamics(
$analysis_doc, $steps,
"NPT",
( TrajectoryFrequency => $freq )
);
getTrajTempAndPressure( $results, $rowCounter, $RxnRadius );
getEnergies( $results, $rowCounter );
$analysis_doc->Delete;
$results->Trajectory->Delete;
if ( $conversion >= my $conversionTarget ) {
my $numbondsDelete = my $xlinkCounter - $reactedOligomerAtoms - my $targetOligomerAtoms;
if ( my $deleteExcessXlinks and $numbondsDelete > 0 ) {
deleteExcessBonds( $doc, $numbondsDelete );
xlink Statistics( $doc, "Final", $rowCounter );
}
else {
my $textDoc->Append(
sprintf "There are no excess bonds to delete\n "
);
}
my $textDoc->Save;
last;
}
Documents->SaveAll;
}
last if ( my $conversion >= my $conversionTarget );
}
my $doc->Name = my $rootName . "_final";
analyzeBonds( $doc );
XlinkSet( $doc );
Glasstransitiontemperature( $doc );
Documents->SaveAll;
给予
在 -e 第 56 行使用“strict subs”时不允许使用裸词“PICO_TO_FEMTO”。
-e 有编译错误。
我不知道如何理解通知或如何解决问题。
【问题讨论】:
-
欢迎来到 Stack Overflow。请尽快阅读 About 和 How to Ask 页面,但更重要的是,请阅读有关如何创建 MCVE (minimal reproducible example) 的信息。第 56 行的错误表明您在最小化代码方面做得还不够。裸词是前面带有
$(或@或%或...)之类的符号的标识符。您确定以下行:my $steps = ($analyzeDuration * PICO_TO_FEMTO / $timeStep); ***-----line 56***(最好将标记变成 Perl 注释),并且PICO_TO_FEMTO前面没有$。MaterialsScript是公共可用模块吗? -
有时,您可以使用裸词作为常量:例如
use constant PICO_TO_FEMTO => 1.0E6;(或者是1.0E-6? - 它只是万亿的因子,因此您应该能够推断出哪个是正确的)。然后你可以写my $fm = PICO_TO_FEMTO * $pm;把$pm中的皮米转换成$fm中对应的飞米数。 -
所以你需要一个
use constant PICO_TO_FEMTO => 1E-03;。这可以在您显示的文件中给出,或者在use-ed 的自定义模块中给出,该模块位于文件MaterialsScript.pm中。如果它打算在该模块中,qw(:all)表示它将根据需要导出。因此,从您所展示的内容中尚不清楚为什么它不存在。或者也许......常量是在另一个模块中定义的,应该包含但不是? -
constant 是一个编译指示,它定义了常量子例程,因此它们可以用作“裸词”,即没有前导符号(
$、@、%),其中 Perl变量必须有。因为在你的情况下,这显然还没有完成,口译员抱怨一句空话。 -
我不经常使用低于 pico (10⁻¹²) 的单位,并认为 femto 是 10⁻¹⁸,但那是 'atto' 而 femto 实际上是 10⁻¹⁵,所以我离开了两者之间的转换系数为 1000。呃,好吧! (Perl 语法是有效的。)
标签: perl material-design