带有ggplot2的PCA投影图

【问题标题】：PCA projection plot with ggplot2带有ggplot2的PCA投影图
【发布时间】：2014-08-04 17:00:33
【问题描述】：

我有一个图，它演示了将点投影到具有最大方差的轴上的想法。 R 中的代码粘贴在下面，我需要一个初始指针如何在ggplot2 中重现此图。

# Simulate data
library(mvtnorm)
set.seed(2014)
Sigma <- matrix(data = c(4, 2, 2, 3), ncol=2)
mu <- c(1, 2)
n <- 20
X <- rmvnorm(n = n, mean = mu, sigma = Sigma)

# Run PCA
pca <- princomp(X)
load <- loadings(pca)
slope <- load[2, ] / load[1, ]
cmeans <- apply(X, 2, mean)
intercept <- cmeans[2] - (slope * cmeans[1])

# Plot data & 1st principal component
plot(X, pch = 20, asp = 1)
abline(intercept[1], slope[1])

# Plot perpendicular segments
x1 <- (X[, 2] - intercept[1]) / slope[1]
y1 <- intercept[1] + slope[1] * X[, 1]
x2 <- (x1 + X[, 1]) / 2
y2 <- (y1 + X[, 2]) / 2
segments(X[, 1], X[, 2], x2, y2, col = "red")

【问题讨论】：

标签： r plot ggplot2 principal-components

【解决方案1】：

将矩阵 X 和向量 x2 和 y2 放在一个数据框中。

df<-data.frame(X,x2,y2)

然后将列 X1、X2 用作 x 和 y 值，将 x2 和 y2 用作 xend= 和 yend=。使用geom_point() 添加点，使用geom_abline() 添加直线，使用geom_segment() 添加线段。使用coord_fixed()，您可以确保 x 轴和 y 轴的宽度相同。

library(ggplot2)
ggplot(df,aes(X1,X2))+
      geom_point()+
      geom_abline(intercept=intercept[1],slope=slope[1])+
      geom_segment(aes(xend=x2,yend=y2),color="red")+
      coord_fixed()

【讨论】：