在“geomorph”包中由 plotTangentSpace 创建的绘图上更改点标签

Question

这是在plotTangentSpace 包geomorph 的帮助页面上找到的经典示例。我只添加了两行：向量Myname 的构造以及根据Myname 命名数组的一维Y.gpa$coords 的以下行。

library (geomorph)
data(plethodon)
Y.gpa<-gpagen(plethodon$land)    #GPA-alignment
ref<-mshape(Y.gpa$coords)
Myname = 41:80
dimnames(Y.gpa$coords)=list(NULL, NULL, Myname)
plotTangentSpace(Y.gpa$coords, label=T)

如您所见，在plotTangentSpace 创建的图上，点被标记为 1:40 而不是 41:80，正如我打算通过重命名 Y.gpa$coords 所做的那样。我想根据Myname 标记这些点。对于这个例子，我的名字只是一个数字向量，但我希望它也适用于字符类型。我怎样才能做到这一点？

Answer 1

如果您查看plotTangentSpace 的代码（只需在 R 控制台中输入），您首先会找到“参数列表”：

function (A, axis1 = 1, axis2 = 2, warpgrids = TRUE, label = FALSE) 

如您所见，您可以“打开”或“关闭”标签（label = TRUE 或 FALSE），但没有设置标签实际值的参数。再往下，您可以在两个地方找到默认的硬编码标签 (seq(1, n)) 的代码：

    if (label == T) {
        text(pcdata[, axis1], pcdata[, axis2], seq(1, n), 
            adj = c(-0.7, -0.7))

...pcdata、axis1 和 n 在函数开头定义。

因此，如果要设置标签的值，似乎需要稍微重写函数。一种可能性是将labels 参数添加到arglist:
function (A, axis1 = 1, axis2 = 2, warpgrids = TRUE, label = FALSE, labels = NULL)

...并更改两个 text 调用中的参数：

  text(pcdata[, axis1], pcdata[, axis2], labels, 
       adj = c(-0.7, -0.7))

您还需要访问geomorph 命名空间中的tps 函数。这可以通过在tps 的两个实例之前添加geomorph::: 来实现：

  geomorph:::tps(ref, shape.min, 20)
  geomorph:::tps(ref, shape.max, 20)

然后将更新后的函数赋给一个新的函数名：

plotTangentSpace2 <- function (A, axis1 = 1, axis2 = 2, warpgrids = TRUE, label = FALSE, labels = NULL){
lots-of-stuff
text(pcdata[, axis1], pcdata[, axis2], labels, adj = c(-0.7, -0.7)) # in both places
more-stuff
geomorph:::tps(ref, shape.min, 20)
geomorph:::tps(ref, shape.max, 20)
}

使用更新后的函数绘图，使用“Myname”作为标签：
plotTangentSpace2(Y.gpa$coords, label = TRUE, labels = Myname)