如何从绘图中删除特定组但绘图在 R 中保持不变？

Question

data('iris')
pca.irix <- PCA(iris[ ,1:4])
gg <- factoextra::fviz_pca_biplot(X = pca.irix, 
                             # samples
                             fill.ind = iris$Species, col.ind = 'black',
                             pointshape = 21, pointsize = 1.5,
                             geom.ind = 'point', repel = T,
                             geom.var = FALSE )

我想获得一个与上面的图完全相同但没有 setosa 的图。 我开始这样做了，但不知道如何继续

setosa_wo <- iris %>% 
             filter(Species != 'setosa')

gg + scale_x_continuous(limits = c((-2), 2)) + scale_y_continuous(limits = c((-2), 2))

如何从图中删除彩色组？但情节应该保持不变。

Answer 1

从图中删除一个或任意数量的组的一种方法是过滤用于图层的数据，例如查看gg$layers 表明您的 PCA 图由六层组成，但只有前两层是用作填充颜色的组。因此，我只是过滤了这两层的数据，这给了我一个删除setosa 的图。

编辑按照 @DaveArmstrong 的建议，我添加了他的代码以将轴的范围固定在原始范围上，并额外添加了原始颜色

library(FactoMineR)
library(ggplot2)

pca.irix <- PCA(iris[ ,1:4])

gg <- factoextra::fviz_pca_biplot(X = pca.irix, 
                                  # samples
                                  fill.ind = iris$Species, col.ind = 'black',
                                  pointshape = 21, pointsize = 1.5,
                                  geom.ind = 'point', repel = T,
                                  geom.var = FALSE )

# First: Get the ranges
yrg <- ggplot2::layer_scales(gg)$y$range$range
xrg <- ggplot2::layer_scales(gg)$x$range$range

# Filter the data
gg$layers[[1]]$data <- dplyr::filter(gg$layers[[1]]$data, Fill. != "setosa")
gg$layers[[2]]$data <- dplyr::filter(gg$layers[[2]]$data, Fill. != "setosa")

gg + 
  # Set the limits to the original ones
  ggplot2::coord_cartesian(xlim=xrg, ylim=yrg, expand=FALSE) +
  # Add orignial colors
  ggplot2::scale_fill_manual(values = scales::hue_pal()(3)[2:3])

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2020 年 10 月 16 日创建}