取决于预定义组的颜色 PCA？ [复制]答案

【问题标题】：Color PCA depending on predefined groups? [duplicate]取决于预定义组的颜色 PCA？ [复制]
【发布时间】：2013-05-20 16:03:59
【问题描述】：

我有一个问题，当我尝试对一些基因表达数据进行 PCA 图时，我使用下面的代码来绘制它，但我想根据组织所属的类别制作不同的颜色。

data <- read.table("rmaFinal.txt", row.names=1, sep="\t",header=TRUE, dec=".")
pca <- prcomp(t(data), cor=TRUE)
plot(pca$x, pch=20)

我的数据格式为

      Tissue1 tissue2 tissue3
Gene1 1        2       3
Gene2 2        3       4
Gene3 3        4       5

我总共有 116 种不同的组织，它们总共可以分为 12 类。因此，我有一个这样的列表，其中包含 116 种组织类型中的每一种的类别。

category = c( "Seed","Seed","Seed","Stem","Seed","Seed","Seed","Mesocotyl","Spikelets")

我想根据给定样本所在的 12 个类别中的哪一个来为我的 PCA 图着色。我试图四处阅读，但我能找到的解决方案都没有解决这个问题。如何将类别列表与 PCA 图结合起来？

【问题讨论】：

还有一个副本：stackoverflow.com/q/13936051/1036500

标签： r pca

【解决方案1】：

你想做这样的事情吗？

library(FactoMineR)
iris.pca <- PCA(iris, quali.sup=5)
plot(iris.pca, habillage = 5, 
     col.hab = c("green", "blue", "red"), 
     title = "Dataset projected onto PC1-2 Subspace")

帽子提示：http://benmabey.com/presentations/pca-tutorial/#34

【讨论】：

嗨，Ben，是的，但如果我不想将类别包含在同一个矩阵中，是否可以像我上面所说的那样将其作为向量？以及如何使用 quali_sup 处理？
如果您问另一个问题，显示您在这些行中尝试了什么，这可能是最好的。我会留意的！
是的，很抱歉，一直没有上网。我最终使用了 ggplot 库。 type=c("Seed","Seed","Seed","Stem"... ) qplot(pca$x[,1],pca$x[,2], colour=type, xlab="PCA 1 ", ylab="PCA 2") 不知道为什么它不将其标记为代码，抱歉。感谢您的帮助