获取 FactoMineR 包中提供的 eta2 表 [关闭]

Question

我正在使用 FactoMineR 对生物数据集执行 PCA，其中每一列是一个基因，并且行包含不同的样本。样品属于不同的组（对照/治疗；癌症/非癌症）。在应用 PCA() 函数时，我已将这些信息作为定性补充包含在内，并且我有点理解，当我们调用 $quali.sup$eta2 时，我们会得到一个表格，其中包含每个分类变量和主成分之间的平方相关性。我的问题是：该表是如何准确获得的——相关性是如何准确计算的？

Answer 1

p41 上的包vingette 将eta2 标识为相关系数。

相关系数基于基础相关矩阵。

确切的方法应该在包作者提供的参考范围内。产生特征值和特征向量的方法通常是包不同但矩阵代数一般相同的地方。

Husson, F.、Le, S. 和 Pages, J. (2010)。使用 R 的示例探索性多元分析， 查普曼和霍尔。

Answer 2

相关性（平方）是在样本坐标（FactoMineR 术语中的个体）和分类变量表示为数值因子水平之间计算的。