从 gm.prcomp 中提取特征值

Question

我习惯于使用 geomorph 包中的 plottangentspace。此函数已被 gm.prcomp 替换，但我无法提取特征值，即使我使用了函数 summary 或 summary.gm.prcomp。 如果我使用摘要，我有统计摘要（意思是......），我不能使用 summary.gm.prcomp （R 找不到函数） 如何提取我的特征值？

感谢您的帮助！

海洋

Answer 1

函数“gm.prcomp”报告了 VCV 矩阵的奇异值分解，您可以从那里重构特征值，因为奇异值分解和等于数据中的总方差。

假设“ProcFit$coords”是我们的 Procrustes 拟合数据，那么

PCA<-gm.prcomp(ProcFit$coords) # calculates the PCA
PCA$d[1]/sum(PCA$d) # provides the Eigenvalue for the first principal component.

你也可以看到与特征值的相似之处，如果你

plot(PCA$d)

或者，例如，如果您想从所有 PC 构建一个数据框，该数据框累计解释了至少 80% 的变化：

PCframe <- function(PCA, CutOff=80) { # default cutoff of 80%
EigenSum<-k<-0
repeat {
k<-k+1
EigenSum<-EigenSum+PCA$d[k]/sum(PCA$d)
if(EigenSum>=CutOff/100) {
break}}
PCAframe<-data.frame(PCA$x[,1:k])
return(PCAframe)}