R中某些列间隔的循环PCA分析

【问题标题】：PCA analysis in a loop for certain column intervals in RR中某些列间隔的循环PCA分析
【发布时间】：2021-08-20 09:42:42
【问题描述】：

我有一个包含 526 行和 560 列的数据集。在这个数据集中，我想分别在循环中对每 16 列运行 pca 分析并保存每一行的 PCA 分数。我尝试了下面的代码，但没有奏效。我很乐意听取您的建议。

提前感谢您的帮助。

for(i in 1:ncol(df)) {       
  df[ , i:(i+15)] <- prcomp(df[, i:(i+15)], scale. = TRUE, center = T)
}

【问题讨论】：

标签： r loops pca

【解决方案1】：

这是一种带有lapply 循环的方法。创建一个由连续整数组成的向量f，每个整数重复 16 次。然后按此向量和lapply 函数prcomp 将data.frame 名称拆分为每个子集。最后，提取分数。

f <- c(1, rep(0, 15))
f <- rep(f, length(names(df1))/16)
f <- cumsum(f)
nms <- split(names(df1), f)

pca_list <- lapply(nms, function(x){
  prcomp(df1[x], center = TRUE, scale. = TRUE)
})
scores_list <- lapply(pca_list, '[[', 'x')

测试数据创建代码

set.seed(2021)
df1 <- replicate(560, rnorm(526))
df1 <- as.data.frame(df1)

【讨论】：

@AlperAdak 很高兴它有帮助。 someone answers您的问题时该怎么办。