遇到错误：通过 ggbiplot 绘制 PCA 图

Question

我对 R 非常陌生，并尝试使用 ggbiplot 绘制我的数据的 PCA 图。因此，如果我的问题对您没有任何意义，请多多包涵。基本上，我是按照我找到的 here 的教程进行操作的，但我使用的是自己的数据集。

一切都很好，直到我希望使用下面的代码来绘制图形：

g <- ggbiplot(ir.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
                  groups = ir.ppm, ellipse = TRUE, 
                  circle = TRUE)

然后，我遇到了一个错误：名称错误(ell)[1:2]

在那之后，我编辑了我的代码并使用了 groups = 的默认设置，我记得应该是 = NULL。

g <- ggbiplot(ir.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
                  groups = ir.ppm, ellipse = TRUE, 
                  circle = TRUE) `

使用编辑后的代码，我确实能够绘制 PCA 图，但它无法按照我的意愿将观察结果分类为不同的组。虽然我仍然不知道错误的含义： Error in names(ell)[1:2] ir.ppm。

这是我遇到错误之前使用的所有代码。

ppm3 = read.csv("normalize_GasPhase_heatmap_no_ID_transpose.csv", header = TRUE, row.names = 1)
ppm3_1 <- ppm3[,1:30]
ir.ppm <- ppm3[,31]
ir.pca <- prcomp(ppm3_1, center = TRUE, scale. = TRUE)
library(ggbiplot)
g <- ggbiplot(ir.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = ir.ppm, ellipse = TRUE, circle = TRUE)

我的原始数据 ppm3 中总共有 6 个观察值和 31 个变量。

我一直在浏览一些与在 stackoverflow 中使用 ggbiplot 绘制 PCA 图相关的问题，但似乎没有多少人遇到与我相同的问题。如果有人可以为我提供帮助，我将不胜感激。谢谢。

Answer 1

对于 ir.ppm 中的每个因子，您只有一个观察值。您需要对每个因素进行更多观察才能显示椭圆。

一种解决方法是像这样删除省略号选项：

g <- ggbiplot(ir.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
                  groups = ir.ppm,
                  circle = TRUE)