R中prcomp对象的子集

Question

我基本上是在为一组变量计算 PCA，一切正常。假设我以虹膜数据为例，但我的数据不同。虹膜数据应该足以解释我的问题：

data(iris)
log.ir <- log(iris[, 1:4])
log.ir[mapply(is.infinite, log.ir)] <- 0
ir.groups<- iris[, 5]
ir.pca <- prcomp(log.ir, center = TRUE, scale. = TRUE) 

library(ggbiplot)

g <- ggbiplot(ir.pca, obs.scale = 1,var.scale = 1,groups = ir.groups, var.axes=F)
g <- g + scale_color_discrete(name = '')
g <- g + theme(legend.direction = 'horizontal', 
               legend.position = 'top') + theme(legend.text=element_text(size=15), legend.key.size = unit(2.5, "lines")) + theme(text = element_text(size=20))
ggsave("pca2.pdf", g, width=15, height=15)

当我得到图时，一些组被绘制得太近了，所以我想为这个组子集制作一个新图（而不为子集计算新的 PCA）。

有没有办法让ir.pca 对象的子集只选择特定的groups 进行绘图？

Answer 1

我想你可以用ggplot2::coord_equal定义一个新的图形窗口，例如：

g + coord_equal(xlim=c(0, 3))

将从图表中排除 setosa，而不是从 PCA 中排除。

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考虑到您的评论，您可以以编程方式进行：

# first we filter the scores
filtered_scores <- ir.pca$x[which(iris$Species != "setosa"), ]
# then on PC1 and PC2
g + coord_equal(xlim=range(filtered_scores[, 1]), ylim=range(filtered_scores[, 2]))

这是你想要的吗？