在 Matlab 中配置 biplot 以区分散点图

Question

我原来的data 是一个195x22 记录集，其中包含帕金森病患者的声音测量值。在一个向量中，195x1，我有一个 status，它是 1/0。

现在，我执行了 PCA 并执行了 biplot，结果很好。问题是我无法从我的散点图中分辨出病人或健康人的哪些点（我无法将其与status 联系起来）。我希望我的散点图在健康 (status=0) 时有一个红点，在生病时 (status=1) 有一个绿色点。

我该怎么做？我的双标代码是：

biplot(coeff(:,1:2), ...
    'Scores', score(:,1:2), ...
    'VarLabels', Labels, ...
    'markersize', 15 ...
);
xlabel('Bi-Plot: Standardized Data');
xlabel('PCA1');
ylabel('PCA2');

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更新（解决方案）：

解决方案的灵感来自@Magla，代码可以在这里看到：http://pastebin.com/KHUj3DnA

有了这张漂亮的图表：

Answer 1

biplot 中的主成分分数（红点）不是 pca 函数返回的分数。正如帮助所述，

biplot 缩放分数以使其适合绘图：它将每个分数除以所有分数的最大绝对值，然后相乘 由 coefs 的最大系数长度。然后 biplot 改变 根据符号约定的分数坐标符号 系数。

因此，您不能轻易使用(X,Y) 信息来找出哪个点属于某个类别。

这是使用biplot 的ObsLabels 选项的解决方法。 ObsLabels 为每个观察分配一些用户定义的数据：对于每个点，我们将分配与 status 变量对应的索引（一个简单的递增值）。有了这个，您可以轻松地修改 biplot 的红点 - 这里将 marker 设置为正方形和红/绿颜色。

下图

由这段代码产生

%some data
load carsmall
x = [Acceleration Displacement Horsepower MPG Weight]; x = x(all(~isnan(x),2),:);
[coefs,score] = pca(zscore(x));

%the status vector (here zero or one)
class_pt = round(rand(size(score,1),1));

vbls = {'Accel','Disp','HP','MPG','Wgt'};

figure('Color', 'w');
hbi = biplot(coefs(:,1:2),'scores',score(:,1:2),'varlabels',vbls,...
    'ObsLabels',num2str((1:size(score,1))'));

for ii = 1:length(hbi)
    userdata = get(hbi(ii), 'UserData');
    if ~isempty(userdata)
        if class_pt(userdata) == 0
            set(hbi(ii), 'Color', 'g', 'Marker', 's');

        elseif class_pt(userdata) == 1
            set(hbi(ii), 'Color', 'r', 'Marker', 's');
        end

    end
end