jNeuroML 将 LEMS 命令放在生成的 NEURON .MOD/NMODL 的什么位置？答案

【问题标题】：Where does jNeuroML put LEMS commands in generated NEURON .MOD/NMODL?jNeuroML 将 LEMS 命令放在生成的 NEURON .MOD/NMODL 的什么位置？
【发布时间】：2016-04-28 17:57:56
【问题描述】：

LEMS 中的以下标签如何映射到 NEURON .MOD/NMODL 文件中：

<OnEvent>
   <StateAssignment .. />
</OnEvent>

<OnCondition ... >
   <StateAssignment ... >
</OnCondition>

<DerivedVariable .. />
<ConditionalDerivedVariable .. />
<TimeDerivative .. />

【问题讨论】：

标签： neuroscience biological-neural-network neuron-simulator lems neuroml

【解决方案1】：

LEMS 标签映射到 NEURON MOD 如下：

OnEvent -> NET_RECEIVE：StateAssignments 内的OnEvent 被放入 NEURON .MOD 的 NET_RECEIVE 块中。分配按照它们在 LEMS 文件中出现的顺序排列。
OnCondition -> BREAKPOINT：来自每个 OnCondition 标记的所有 if 语句都聚集在一起并放置在 BREAKPOINT 部分，并按照它们出现的顺序执行LEMS 文件。
DerivedVariable、ConditionalDerivedVariable、TimeDerivative -> DERIVATIVE：这些也聚集在一起并出现在 DERIVATIVE 部分。首先是所有DerivedVariable 语句，然后是所有ConditionalDerivedVariable 语句，最后是所有TimeDerivative 语句。与其他人一样，它们都按照它们出现的顺序排列。

注意事项：

如果您需要由OnCondition 使用的DerivedVariable，请使用test="1 .eq. 1" 创建一个始终执行 OnCondition 语句和一个新的StateVariable，并将其放置在将使用它的任何其他 OnCondition 语句之前。
同样，如果您需要一个依赖于ConditionalDerivedVariable 的DerivedVariable，请创建一个始终执行的ConditionalDerivedVariable 并将其放在使用它的其他ConditionalDerivedVariables 之前。
一旦翻译成 NEURON MOD，语句将按以下顺序在每个时间步内分组和执行：
1. OnEvent
2. OnCondition的
3. DerivedVariable的
4. ConditionalDerivedVariable的
5. TimeDerivative的

见：In NEURON .MOD files what is the order of operations of the sections?

【讨论】：