Protege 看到关系，Virtuoso 没有

Question

查看新安装的库存 Protégé 5 中的go-plus ontology，我在实体选项卡中发现http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0003215 的有用推断：

'心脏右心室形态发生''导致'一些'心室'的形态发生

'导致'形态发生'在这种情况下是http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002298，'心室'是http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002082

如果我将相同的本体加载到 Virtuoso Open Source 07.20.3217 并描述 http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0003215，则不会列出与“心室”的关系。 (Even after enabling OWL inference.)

然而，http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0003215 被链接到一个匿名节点

rdf:type           owl:Restriction 
owl:onProperty     n3:RO_0002298 
owl:someValuesFrom n3:UBERON_0002080 

n3 是 http://purl.obolibrary.org/obo/

是否有 Virtuoso 配置可以在 describe 视图中明确这种关系？

是否有一些简洁的 SPARQL 语法可以使关系清晰？目前，我正在使用

select distinct ?goid (str(?goterm) as ?go_str)
?svf (str(?anatomy ) as ?anat_str)
where
{
  ?goid obo:hasOBONamespace 'biological_process'^^xsd:string .
  ?goid  rdfs:label ?goterm .
  ?goid rdfs:subClassOf+ ?parent .
  ?parent owl:someValuesFrom* ?svf .
  ?svf rdfs:subClassOf+
  <http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0001062> .
  ?svf rdfs:label ?anatomy
}

Answer 1

这里有很多东西在起作用。

您可以将属性路径用于传递性，如@ASKW 的评论中所述。

如果您想将 Virtuoso 的 built-in reasoning 用于RDF Schema（rdfs:subClassOf、rdfs:subPropertyOf、rdfs:subClassOf）或OWL（owl:equivalentProperty、owl:equivalentClass、owl:SymmetricProperty）所描述的关系类型， owl:inverseOf 等），那么您可以利用 @MarkMiller 的 cmets 中描述的推理规则编译指示（注意对 blog post about that usage pattern 的引用）。

如果您想编写自定义推理规则（即use SPARQL as your Inference Rules language），那么您将需要提供该功能的 Virtuoso 8.0（即将推出）。请注意，这是最终解决方案，因为您可以使用 SPARQL 编写自己的算法。

Answer 2

如何在 Virtuoso 中启用 OWL 推理？您应该知道，它不支持 OWL DL 推理，而仅支持某种基于规则的推理，仅涵盖 OWL DL 的一小部分。另一方面，Protege 通过 HermiT、Pellet 等推理器支持 OWL DL 推理。

如果您的意思是“启用 OWL 推理”仅在 rdfs:subClassOf 关系上使用 SPARQL 1.1 属性路径，那么这与 OWL DL 推理相去甚远。它只是意味着从图中的起始节点考虑该关系的传递闭包，仅此而已，也没有更多的魔法。