Jena/Sparql/Arq：在查询期间在模型中注入一些语句

Question

我建立了一个小型 RDF 模型：它只包含几个三元组，描述了人类基因组上的一些项目。

我只想保留那些与某些基因组片段（比如“基因”）重叠的项目，这些项目存储在另一个关系数据库中。这个基因数据库太大了，无法插入到我的初始 RDF 模型中。

有没有办法扩展 ARQ 以在查询期间在我的模型中注入一些新的语句（描述与项目重叠的唯一基因的 RDF 语句）？

输入：

uri:object1  my:hasChromosome "chr1" .
uri:object1  my:hasStartPosition "1235689887" .
uri:object1  my:hasEndPosition "2897979879" .
uri:object1  dc:title "my variation" .

输出：

uri:object1  my:hasChromosome "chr1" .
uri:object1  my:hasStartPosition "1235689887" .
uri:object1  my:hasEndPosition "2897979879" .
uri:object1  dc:title "my variation" .
uri:gene1  dc:title "GeneName" .

我读过http://jena.sourceforge.net/ARQ/arq-query-eval.html，但我迷路了：我应该选择哪种扩展机制？财产 ？网上有没有更完整的例子？

谢谢，

Answer 1

您有两个数据存储。一个是 Jena 内存模型中的一个小数据集，一个是关系数据库中的一大组基因相关数据。您想编写一个 sparql 查询，就好像大型数据集是本地数据而不实际导入它一样。 （实际要做的数据转换有点模糊。）

在 SPARQL 1.1 中，您可以在 sparql 端点之间使用 SERVICE 关键字来执行此操作。为了能够将您的基因数据关系数据库用作 SPARQL 端点，您需要一个 SPARQL 到 SQL 的转换器，例如 D2RQ 或将数据转换为 RDF 并将其加载到具有通用 SPARQL 功能的三重存储中。

一旦基因数据在 SPARQL 端点中可用。

PREFIX my: <...>
PREFIX f:  <java:com.example.DBFunctions.>

INSERT { ?missing a my:Gene } # mark a region as a gene
WHERE {
    ?missing my:hasChromosome ?chr ; 
         my:hasStartPosition ?start ;
         my:hasEndPosition ?end .
    SERVICE<http://localhost:????/gene_data/sparql>{
       ?gene a my:Gene .
         my:hasStartPosition ?gStart ;
         my:hasEndPosition ?gEnd .
       #Detect overlap.
       FILTER( !(?start > ?gEnd || ?end < ?gStart) ) .
    }
}

另一种选择是使用自定义函数按照@user205512 所示进行过滤。其中过滤器java代码使用JDBC连接关系型数据库。

Answer 2

这里的细节有点薄。从简单的开始，使用custom function。这将允许您在 FILTERs 中进行外部查找，或者使用 BIND 检索值。

对于更新，您可能需要考虑SPARQL Update。

最后，你说

我只想保留那些与某些基因组片段（比如“基因”）重叠的项目，并存储在另一个关系数据库中。

所以也许是这样的：

PREFIX my: <...>
PREFIX f:  <java:com.example.DBFunctions.>

DELETE { ?missing ?p ?o } # Purge the non-overlapping objects
WHERE {
    ?missing my:hasChromosome ?chr ; 
             my:hasStartPosition ?start ;
             my:hasEndPosition ?end .
    FILTER (!f:overlaps(?chr, ?start, ?end)) # true if not overlapping
}

好的，我猜到这里了，但我希望能有所帮助。