Anaconda：“kraken”没有在我的虚拟环境中运行，尽管安装在那里答案

【问题标题】：Anaconda: "kraken" is not running in my virtual environment despite being installed thereAnaconda：“kraken”没有在我的虚拟环境中运行，尽管安装在那里
【发布时间】：2019-07-17 00:18:17
【问题描述】：

我正在使用全新安装的 Kubuntu 19.04。我对 Python 和 anaconda 也很陌生，所以我犯的错误可能很明显。我试图在通过 conda 创建的虚拟环境中运行 OCR 程序 kraken，但是当我运行任何 kraken 命令（kraken listkraken get 10.5281/zenodo.2577813）时，出现以下错误：

Command 'kraken' not found, but can be installed with:
sudo apt install kraken

我使用here找到的说明创建了虚拟环境：

wget https://raw.githubusercontent.com/mittagessen/kraken/master/environment.yml
conda env create -f environment.yml

然后我通过conda activate kraken进入kraken环境，却发现kraken list不起作用。我试图通过conda install --name kraken kraken 重新安装 kraken。当我使用conda list 时，kraken 被列为已安装包。

我认为问题可能是由于我的 .bashrc 中的错误。在我的 .bashrc 中，conda 创建了：

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/USERNAME/Programming/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/home/USERNAME/Programming/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/home/USERNAME/Programming/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/home/USERNAME/Programming/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
#unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

报错后，我把上面的注释掉了，改成：

. /home/USERNAME/Programming/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate

这并没有解决问题。两者都在我的 .bashrc 的底部。我没有尝试将它们移到顶部。

同样，在每次更改后我都尝试了kraken list，但我没有得到可用模型的列表，而是得到了：

Command 'kraken' not found, but can be installed with:
sudo apt install kraken

我应该使用另一个命令在 conda 创建的环境中使用 python 程序吗？

另外：我可以从 Ubuntu 存储库安装的 kraken 程序似乎是一个对 DNA 进行分类的程序，而不是 OCR 程序。

【问题讨论】：

标签： python ubuntu anaconda ocr conda

【解决方案1】：

我认为这是Issue，解释/总结了它。您必须从 github master 分支安装 kraken，而不是使用 conda envs。

简单地说：

# Clone the master branch into kraken directory.
$ git clone https://github.com/mittagessen/kraken.git

# And then, Use a virtualenv or just:

$ pip3 install .

这样就完成了kraken的安装，您可以使用以下方法进行验证：

$ kraken list
$ Retrieving model list .✓
10.5281/zenodo.2577813 (pytorch) - A generalized model for English printed text

【讨论】：