允许在 conda env 中使用系统 python？答案

【问题标题】：Allow use of system python in conda env?允许在 conda env 中使用系统 python？
【发布时间】：2015-04-26 00:30:03
【问题描述】：

有没有办法强制 conda 在给定的环境中使用系统版本的 python（以及所有系统库）？

我在我的 shell 中默认启用了 conda，这可能会有点烦人，因为如果我尝试运行系统 python 应用程序，它会得到与预期不同的 python 版本（python 仍然默认为 2.7 on *buntu)，并且通常不会运行。我希望 conda 的根环境只是重定向到系统 python 安装。

【问题讨论】：

你能举一个应用程序/经验的例子吗，我没见过这个。
@AndyHayden：我在我的 conda root 环境中使用 python 3.4，所以基本上任何在主脚本开头有 !#/bin/env python 的 ubuntu 包如果从命令行运行（因为它期待python 2，这仍然是默认值）。我的.profile 和.zshrc 都有# added by Miniconda3 3.9.1 installer ; export PATH="/home/naught101/miniconda3/bin:$PATH" 行，所以默认情况下所有shell 都启用conda。
您认为这是这些应用程序中的错误吗？有哪些应用？您可以使用 conda（而不是 apt-get）安装该应用程序吗？
@AndyHayden：通过 apt 安装的每个基于 python 的包都没有指定 python 版本。试试grep -Hn 'env python' /usr/bin/*。例如fslint-gui。是的，这些包指定python版本可能会更好，但我怀疑有很多包不在ubuntu repos中，因为python2是默认的并且可以预期。我觉得应该可以完全禁用 conda，只使用系统 python 安装。我想我可能只是/home/naught101/miniconda3/bin/python，但我不确定这是否会产生其他后果。

标签： python conda package-management

【解决方案1】：

您需要编辑所有用户 shell 运行命令，例如您的 .bashrc 文件，将 anaconda 的 bin 目录添加到路径 export PATH=~/anaconda/bin:$PATH，而在您的根运行命令中添加 export PATH=$PATH:~/anaconda/bin。在这两种情况下，您都可以访问conda 命令。您可以通过键入$env python --version 来检查将运行哪个 python。您还可以使用$type -a python 检查哪些其他版本可用以及它们的优先顺序（如果另一个被删除）。当然，请确保您的可执行 python 文件具有#!/usr/bin/env python，而不是其他指向 python 可执行文件的直接路径。如需更多信息，请在 Google BASH Shell 中查找查询，例如 http://www.cyberciti.biz/tips/an-example-how-shell-understand-which-program-to-run-part-ii.html。

【讨论】：

@naught101，我相信上面解释的内容会起作用：如果您编辑在 root 用户下执行的运行命令，以便导出的 PATH 读取 export PATH="$PATH:/home/naught101/miniconda3/bin"（它们将驻留在两个 root和用户的家通过$cd ~ ），在root下执行的任何文件/脚本/等都会按照说明在您的conda版本之前查找默认python，您应该能够使用上述方法进行验证。
是的，它确实使系统python在shell启动时默认，这很好，但是如果你source activate blah然后source deactivate，那么conda root env python再次成为默认值，直到你重新启动外壳。
@naught101 你可以试试这个：export PATH=$(conda ..deactivate)

【解决方案2】：

只需从~/miniconda3/bin/ 中删除python 符号链接似乎就可以完成这项工作。

$ which python           
/home/naught101/miniconda3/bin/python
$ rm /home/naught101/miniconda3/bin/python
$ which python                            
/usr/bin/python
$ source activate science                 
discarding /home/naught101/miniconda3/bin from PATH
prepending /home/naught101/miniconda3/envs/science/bin to PATH
(science)$ which python           
/home/naught101/miniconda3/envs/science/bin/python
(science)$ source deactivate                       
discarding /home/naught101/miniconda3/envs/science/bin from PATH
$ which python     
/usr/bin/python

到目前为止，这似乎没有给我带来任何问题。不幸的是，这对~/miniconda/bin/python3 不起作用，因为 conda 在切换到使用相同 python 版本的其他环境时需要它。然而，这个问题并没有从一开始就造成那么多问题。

如果这确实引起了问题，它很容易撤消，只需cd ~/miniconda/bin/; ln -s python3 python（或您在 conda 根环境中使用的任何版本的 python）。您可能需要激活/停用一个 env 才能让该版本的 python 回到您的 PATH 中。

【讨论】：