bash脚本中的奇点shell答案

【问题标题】：singularity shell inside a bash scriptbash脚本中的奇点shell
【发布时间】：2021-01-05 18:07:20
【问题描述】：

我正在尝试在脚本中运行奇异 shell，并在奇异图像中运行多个命令，包括 conda。下面是我试图做的一个例子。在下面运行my_script.sh 不起作用。在 shell 命令之后，其他一切似乎都在奇点图像之外运行。

## my_script.sh ##
singularity shell image.sif
source activate test_env
pbsv --version
conda deactivate

我知道我可以将所有命令放在 another_script.sh 中，然后使用 singularity exec image.sif another_script.sh 调用该脚本，但我试图避免创建多个小脚本。

是否可以在 bash 脚本中运行奇异 shell？或者是否可以在避免创建脚本的同时在奇点内运行多个命令？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

singularity shell 用于获取交互式 shell 会话，而不是运行脚本。在您的示例中，后续命令都在 shell 进程完成后运行，而不是在 shell 内运行。

如果您删除第一行，singularity exec image.sif my_script.sh 将在容器内运行脚本。 conda deactivate 也是不必要的，因为环境在容器内。

【讨论】：

【解决方案2】：

我发现我可以运行多个命令而无需创建脚本。

不要使用singularity shell，而是使用singularity exec：

singularity exec bash -c "source activate test_env && pbsv --version"

【讨论】：