从启动另一个进程的python运行.sh脚本答案

【问题标题】：run .sh script from python that initates another process从启动另一个进程的python运行.sh脚本
【发布时间】：2018-11-16 13:08:47
【问题描述】：

我在 StackOverflow 上寻找答案，但其中大多数都没有解决我的整个任务。

我有一个名为 cellprofiler 的软件，它使用自己的 GUI 并在 Ubuntu 上的 conda 环境中运行。

我想用另一个 python 脚本在外部自动运行这个 cellprofiler。

我的步骤：

1) 我在 python 中创建了一个运行环境和软件的 bash 脚本：

env_activate = 'path_to_sh/activate_env.sh'
with open(env_activate, 'w') as f:
    f.write('#!/bin/sh\n')
    f.write('. activate cellprofiler && cellprofiler')
    f.close()

2) 然后在我的 python 脚本中执行：

processCP = subprocess.Popen(env_activate, stdout=subprocess.PIPE)
processCP.wait()

但这会导致它在系统 python 解释器 3.5 中运行，而不是在 conda 环境中运行

Traceback (most recent call last):
  File "/home/**/.local/bin/cellprofiler", line 6, in <module>
    from pkg_resources import load_entry_point
  File "/home/**/.local/lib/python3.5/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3126, in <module>
    @_call_aside
  File "/home/**/.local/lib/python3.5/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3110, in _call_aside
    f(*args, **kwargs)
  File "/home/**/.local/lib/python3.5/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3139, in _initialize_master_working_set
    working_set = WorkingSet._build_master()
  File "/home/**/.local/lib/python3.5/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 581, in _build_master
    ws.require(__requires__)
  File "/home/**/.local/lib/python3.5/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 898, in require
    needed = self.resolve(parse_requirements(requirements))
  File "/home/**/.local/lib/python3.5/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 784, in resolve
    raise DistributionNotFound(req, requirers)

    pkg_resources.DistributionNotFound: The 'CellProfiler' distribution was not found and is required by the application

有人知道为什么会这样吗？

更新： 我需要的python解释器是python2.7，它已经在conda环境中了。如果在终端中调用 Cellprofiler 可以正常工作：

source activate cellprofiler
cellprofiler

【问题讨论】：

您是否尝试在 Popen 通话中设置 shell=True？
@JonahBishop 是的，shell=True 会导致同样的错误，而且我想将来可能在shell=False 模式下运行它
来自pkg_resources.DistributionNotFound:，看起来有些依赖没有实现。看看命令是不是手动运行的？
@SwadhikarC 如果我在我的环境中手动运行它效果很好

标签： python bash conda

【解决方案1】：

在终端中运行

pip install cellprofiler

【讨论】：

我的 conda 环境中安装了 cellprofiler。它运行良好，它从 python 脚本中调用它作为在这个现有环境中运行的新进程的任务

【解决方案2】：

回答我自己的问题：它有助于阅读Running subprocess within different virtualenv with python

所以，需要使用subprocess.Popen 来创建一个进程。另一个技巧是在 bash 脚本中使用 she-ban #!/bin/bash\n。毕竟它被创建为：

 env_activate = 'path_to/activate_env.sh'
 with open(env_activate, 'w') as f:
        f.write('#!/bin/bash\n')
        f.write('source activate cellprofiler\n')
        f.write('cellprofiler')
        f.close()

并运行：

processCP = subprocess.Popen(env_activate, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)

【讨论】：