错误; pthread_create() 的返回码是 22答案

【问题标题】：ERROR; return code from pthread_create() is 22错误; pthread_create() 的返回码是 22
【发布时间】：2020-05-06 07:42:39
【问题描述】：

问题：我在 Docker 存储库中创建了一个 conda 环境来运行蛇形管道。我使用了在我的 mac (R 3.6.1) 上运行的相同运行 conda 环境文件。一切运行顺利，直到使用失败的 MSnbase 包进行规范化，MSnbaSe 库出现以下错误：

msnset.nrm <- normalise(data, "quantiles")
Error in preprocessCore::normalize.quantiles(exprs(object), ...) : 
  ERROR; return code from pthread_create() is 22

上网查了一下，好像是openblas的问题。在我的 Mac 上（完美运行）， sessionInfo() 显示如下：

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: macOS Mojave 10.14.4

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /Users/MH/miniconda3/envs/snakemake_all/lib/libopenblasp-r0.3.7.dylib

Random number generation:
RNG:     Mersenne-Twister
Normal:  Inversion
Sample:  Rounding

locale:
[1] C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.1

和 conda 列表 | grep blas 显示：

libblas                   3.8.0               12_openblas    conda-forge
libcblas                  3.8.0               12_openblas    conda-forge
liblapack                 3.8.0               12_openblas    conda-forge
libopenblas               0.3.7                hd44dcd8_1    conda-forge

我尝试使用 R 3.6.1 和相同的 blas 包在 docker 中构建 conda。不幸的是，linux 0.3.7 libopenblas 包（build h6e990d7_0）不断重现错误。对这个问题有什么建议吗？

提前谢谢你

【问题讨论】：

标签： r conda blas openblas

【解决方案1】：

从这个question 和这个issue，我认为你可以通过将libopenblas 降级到0.3.3 来修复它。因此，当您创建 conda 环境时，您应该执行类似的操作

conda create -n my-env libopenblas=0.3.3 other-packages

现在，降级 libopenblas 是否会破坏其他东西，我不知道

【讨论】：