源激活 env_name 命令失败答案

【问题标题】：source activate env_name command failed源激活 env_name 命令失败
【发布时间】：2019-12-07 09:22:33
【问题描述】：

我想运行这段代码：

#! /bin/sh

env_name="base"
source activate $env_name

在我的 shell 中为 sh filename.sh，但错误提示：

filename.sh: source: not found

下面一行：

filename.sh: Syntax error: Unterminated quoted string

有什么问题？可以说我可以在 shell 中手动运行这个命令，但是当我尝试作为 shell 脚本运行时，这个问题给了我错误。任何帮助表示赞赏。

【问题讨论】：

标签： shell conda

【解决方案1】：

在 POSIX shell 中没有名为 source 的命令。要获取文件，请使用句点，即

. filename.sh

【讨论】：

【解决方案2】：

选项

您有三个选择：

登录模式 - 在登录模式下使用 shell，自动设置 Conda 的 shell 功能。
手动初始化 - 您可以手动获取适合 shell 的初始化脚本，以在脚本中启用 conda activate 功能。
conda run - 您让 Conda 为您自动激活环境。

1：登录方式

典型的 Conda 安装让用户为其主 shell 运行 conda init，这会将代码添加到用户的特定于 shell 的资源文件（例如，.bashrc）。 OP 运行脚本的当前方式和脚本的 shebang 永远不会加载这样的资源，因此不定义 conda activate 函数。

相反，重新定义 shebang 以使用完整的 shell 并在登录模式下运行。例如，这将是 BASH 版本：

#!/usr/bin/env bash -l

并与任一运行

. filename.sh

或

bash -l filename.sh

这假设用户已经运行conda init bash。

2：手动初始化

conda activate 功能通常是 Conda 在启动交互式 shell 时创建的 shell 函数。要在脚本中使用相同的功能，您可以手动运行初始化脚本。假设一个bash 类型的shell，它位于etc/profile.d/conda.sh 的基本Anaconda/Miniconda 目录下。假设您在以下位置拥有它：

/Users/user/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh

你的脚本的工作版本会变成这样的

#!/bin/sh

. /Users/user/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate base

...

3：康达运行

您可以在 shebang 中使用conda run（参见conda run --help）来自动激活环境并在该上下文中运行脚本中的所有内容。这假设您拥有properly configured your shell to use conda。例如，

#!/usr/bin/env conda run -n base bash

some_cmd

some_cmd 是您的环境中可用的命令行程序。

【讨论】：