如何在程序 R 中剪辑大型 shapefile 而不会导致计算机崩溃？

Question

我想在程序 R 中剪辑一个大的 shapefile (67MB)，并从其中大约 5% 导出一个小得多的栅格。加载后，shapefile 具有 221388 个特征和 5 个字段 - 并扩展至 746 MB。

我的困难在于尝试将文件剪辑到可行的大小 - 程序在几分钟后崩溃。我已经尝试过裁剪（来自光栅）和 gIntersection（来自 rgeos）但没有成功。我有 8GB 的​​ RAM - 显然存在内存问题。

我猜可能有解决办法。我知道那里有一些大内存包 - 但它们中的任何一个都可以帮助我的这种情况吗？我当前的代码如下：

# dataset can be found at 
# http://data.fao.org/map?entryId=271096b2-8a12-4050-9ff2-27c0fec16c8f

# location of files
ogrListLayers("C:/Users/Me/Documents/PNG Glob")

# import shapefile
ogrDrivers()[10,]

# shapefiles
Glob<-readOGR("C:/Users/Me/Documents/PNG Glob", layer="png_gc_adg_1")

# assign projection
Glob@proj4string<- CRS("+proj=longlat")

#object size
object.size(Glob) 

# clipping
crop(Glob, extent(c(144,146,-7,-5)))

Answer 1

正如@Pascal 所建议的，GDAL 的ogr2ogr 对此很有用。您可以使用system 从 R 中调用它，如下所示（包括在 Windows 上），尽管这假设（1）您有一个有效的 GDAL 安装并且（2）GDAL 二进制文件的路径存在于您的 PATH 环境变量中：

1. 下载并解压 PNG shapefile：

   download.file('http://www.fao.org/geonetwork/srv/en/resources.get?id=37162&fname=png_gc_adg.zip&access=private', 
                 f <- tempfile(fileext='.zip'))
   unzip(f, exdir=tempdir())
   

2. 从 R 调用 ogr2ogr 和 system 以剪辑 PNG shapefile 并将生成的 .shp 保存到工作目录：

   system(sprintf('ogr2ogr -clipsrc 144 -7 146 -5 png_clip.shp %s', 
                  file.path(tempdir(), 'png_gc_adg_1.shp')))
   

   在我的系统上，这大约需要 70 秒，而内存使用量的增加似乎没有超过 100MB。 （我确实收到了很多 Warning 1: Value 138717513240 of field AREA of feature 0 not successfully written. Possibly due to too larger number with respect to field width 之类的警告 - 不知道那是什么意思。）

3. 加载剪切的shapefile：

   library(rgdal)
   p <- readOGR('.', 'png_clip')
   plot(p)