getKMLcoordinates 返回列表列表而不是段列表

Question

我曾经通过在 R 中绘制 kml 坐标，并在顶部覆盖物种丰度数据，制作了一张很酷的地图。第一次编写代码时，我使用以下代码调用我的坐标列表：
spa<-getKMLcoordinates('Perimeter_Track.kml', ignoreAltitude=TRUE)

summary(spa) 返回：

 Length Class  Mode   
[1,] 128 -none- numeric

[2,] 242 -none- numeric

[3,] 34 -none- numeric

[4,] 126 -none- numeric

（GPS 坐标是以 4 个块测量的周边轨道，因此每个列表都是这些块之一）： 现在，当我再次运行代码时，summary(spa) 返回：

         Length Class  Mode
[1,] 2      -none- list
[2,] 2      -none- list
[3,] 2      -none- list
[4,] 2      -none- list

如果我使用 as.data.frame() 将 spa 转换为数据帧，当我尝试使用 rbind 将 4 个块连接成一个大轨道时仍然会出现此错误：

Error in match.names(clabs, names(xi)) : 
  names do not match previous names

R 似乎没有读取 kml 文件，或者只读取其中的一部分。

列表（或数据框）spa 是

  c..157.80736808..21.4323436..20.324951171875.
1                                    -157.80737
2                                      21.43234
3                                      20.32495
  c..157.80738216..21.43231443..19.36376953125.
1                                    -157.80738
2                                      21.43231
3                                      19.36377
  c..157.80533605..21.43536092..15.9990234375. c..157.8053208..21.43541138..15.9990234375.
1                                   -157.80534                                  -157.80532
2                                     21.43536                                    21.43541
3                                     15.99902                                    15.99902
  c..157.80998348..21.43706806..15.9990234375.
1                                   -157.80998
2                                     21.43707
3                                     15.99902
  c..157.80997007..21.43711106..17.441162109375.
1                                     -157.80997
2                                       21.43711
3                                       17.44116
  c..157.81074733..21.43717535..13.5958251953125.
1                                      -157.81075
2                                        21.43718
3                                        13.59583
  c..157.81071673..21.43718331..14.076416015625.
1                                     -157.81072
2                                       21.43718
3                                       14.07642

这是 maptools 或我的代码错误吗？据我所知，这是将 kml 坐标转换为 R 可以使用的坐标的最简单方法。非常感谢您的帮助。

文件链接在这里：https://www.dropbox.com/s/y8elanjnst6438v/Perimeter_Track.kml

Answer 1

修复已提交给 R-forge，maptools 项目，修订版 232。请在今晚欧洲时间之后试用：

install.packages("maptools", repos="http://R-Forge.R-project.org")

处理这个问题。但是，我不知道您为什么不使用：

library(rgdal)
ogrListLayers(dsn="Perimeter_Track.kml") # to find the layer name
spa1 <- readOGR(dsn="Perimeter_Track.kml", layer="Perimeter_Track.kml")
summary(spa1)

这是一个 SpatialLinesData 框架，可以以多种方式使用，无需进一步努力。它还可以毫无困难地处理标签。要将您的输入输入到 ad-hoc maptools 函数返回的表单中，请执行以下操作：

o0 <- coordinates(spa1)
o1 <- lapply(o0, function(x) do.call("rbind", x))
library(maptools) # SVN revision >= 232
spa <- getKMLcoordinates('Perimeter_Track.kml', ignoreAltitude=TRUE)
all.equal(o1, spa)

Answer 2

您的示例文件包含getKMLcoordinates 函数（maptools 版本 0.8-14）不期望的制表符。

如果您进行小的修改，它会按预期工作。我已将 cmets 放在我的添加位置：

getKMLcoordinates_01 <- function (kmlfile, ignoreAltitude = FALSE) 
{
    if (missing(kmlfile)) 
        stop("kmlfile is missing")
    kml <- paste(readLines(kmlfile, encoding = "UTF-8"), collapse = " ")
    re <- "<coordinates> *([^<]+?) *<\\/coordinates>"

    ## ++ new code
    ## remove tabs first
    kml <- gsub("\\t", "", kml)
    ##   

    mtchs <- gregexpr(re, kml)[[1]]
    coords <- list()
    for (i in 1:(length(mtchs))) {

        kmlCoords <- unlist(strsplit(gsub(re, "\\1", substr(kml, 
            mtchs[i], (mtchs[i] + attr(mtchs, "match.length")[i])), 
            perl = TRUE), split = " "))
        m <- t(as.matrix(sapply(kmlCoords, function(x) as.numeric(unlist(strsplit(x, 
            ","))), USE.NAMES = FALSE)))
        if (!ignoreAltitude && dim(m)[2] != 3) 
            message(paste("no altitude values for KML object", 
                i))
        coords <- append(coords, ifelse(ignoreAltitude, list(m[, 
            1:2]), list(m)))
    }
    coords
}

spa <- getKMLcoordinates_01("Perimeter_Track.kml")
summary(spa)
     Length Class  Mode   
[1,] 192    -none- numeric
[2,] 363    -none- numeric
[3,]  51    -none- numeric
[4,] 189    -none- numeric

R 版本 2.15.0 已修补 (2012-05-05 r59321) 平台：x86_64-pc-mingw32/x64（64位） 语言环境： [1] LC_COLLATE=English_Australia.1252 LC_CTYPE=English_Australia.1252 LC_MONETARY=English_Australia.1252 LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=English_Australia.1252 附加的基础包： [1] stats graphics grDevices utils datasets compiler methods base 其他附加包： [1] rgdal_0.7-8 maptools_0.8-14 lattice_0.20-6 sp_0.9-98 foreign_0.8-49 通过命名空间加载（未附加）： [1] 网格_2.15.0 工具_2.15.0