刻面时使用 stat_summary 为折线图生成误差线的问题

Question

我正在尝试在 ggplot2 中使用 stat_summary 向折线图添加误差线，但是当我对图形进行分面时它不起作用

我的数据：

    date week year location imidacloprid block wickhami virescens sexta
1 15-May    1 2015  kinston           tp     1        0         0     0
2 15-May    1 2015  kinston           gh     1        0         0     0
3 15-May    1 2015  kinston          utc     1        0         0     0
4 15-May    1 2015  kinston           gh     2        0         0     0
5 15-May    1 2015  kinston          utc     2        0         0     0
6 15-May    1 2015  kinston           tp     2        0         0     0


'data.frame':   576 obs. of  9 variables:
 $ date        : Factor w/ 27 levels "1-Jul","12-Jun",..: 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 ...
 $ week        : Factor w/ 12 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ year        : Factor w/ 2 levels "2015","2016": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ location    : Factor w/ 2 levels "kinston","rocky mount": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ imidacloprid: Factor w/ 3 levels "gh","tp","utc": 2 1 3 1 3 2 3 2 1 2 ...
 $ block       : Factor w/ 4 levels "1","2","3","4": 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 ...
 $ wickhami    : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ virescens   : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ sexta       : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...

总结图表数据：

wickhami_sum = summarySE(bug_subset_final, 
                measurevar="wickhami", 
                groupvars=c("imidacloprid","week","year"))

   imidacloprid week year N wickhami         sd          se         ci
1            gh    1 2015 8   0.0000  0.0000000  0.00000000  0.0000000
2            gh    1 2016 8   0.0000  0.0000000  0.00000000  0.0000000
3            gh    2 2015 8   0.0000  0.0000000  0.00000000  0.0000000
4            gh    2 2016 8   0.0000  0.0000000  0.00000000  0.0000000
5            gh    3 2015 8   0.0000  0.0000000  0.00000000  0.0000000
6            gh    3 2016 8   0.1250  0.2314550  0.08183171  0.1935012
7            gh    4 2015 8   0.0000  0.0000000  0.00000000  0.0000000
8            gh    4 2016 8   0.5000  0.4629100  0.16366342  0.3870025
9            gh    5 2015 8   0.5000  0.3779645  0.13363062  0.3159862

下面的代码没有给我任何问题，并生成我的两年数据组合的折线图，并通过 stat_summary 生成错误条

ggplot(wickhami_sum, aes(x=week, y=wickhami,linetype=imidacloprid,group=imidacloprid))+
  stat_summary(fun.data=mean_se,geom="errorbar",width=.2,color="black",position=position_dodge(0.2))+
  stat_summary(fun.y=mean,geom="line",position=position_dodge(0.2))

但是，当我尝试按年份对数据进行分面时（如下所示），我无法让 stat_summary 生成错误栏并获得下面的错误消息

ggplot(wickhami_sum, aes(x=week, y=wickhami,linetype=imidacloprid,group=imidacloprid))+
  stat_summary(fun.y=mean,geom="line",position=position_dodge(0.2))+facet_grid(year~.)+
  stat_summary(fun.data=mean_se,geom="errorbar",width=.2,color="black",position=position_dodge(0.2))

Warning message:
Removed 72 rows containing missing values (geom_errorbar). 

我尝试扩展 y 轴的范围/限制以包含误差线，但我仍然收到相同的警告消息并且没有误差线。 我希望使用 stat_summary 为多面图生成误差线，而不必再次计算标准误差。在理解为什么分面不允许 stat_summary 正常运行或我做错了什么方面，我们将不胜感激。

Answer 1

这就是我认为正在发生的事情：无刻面图中每周有两行数据，但刻面图的每个面板中每周只有一行数据，导致标准误差计算返回 NA。 stat_summary 用于未汇总的数据，并在内部进行数据汇总。将bug_subset_final 与stat_summary 一起使用，或切换到geom_errorbar 以继续使用wickhami_sum。详情如下。

您已预先汇总数据，但 stat_summary 旨在处理原始数据并在内部计算汇总值。在您传递给 ggplot 的摘要数据框 wickhami_sum 中，每周有两行，2015 年的每一周和 2016 年的每一周有两行。按周和按年的所有数据都已折叠到通过汇总操作为每周和每年的单行。

因此，在未分面图中，有两行数据供stat_summary 每周操作。但在多面图中，它试图从单个观察中计算标准误差，这可能返回NA，因此没有绘制任何内容。即使在未分面图中，您的误差线也是根据每年的两个平均值计算得出的，这也不是您想要的。

相反，要么继续使用wickhami_sum，但不要使用stat_summary：

geom_errorbar(aes(ymin = wickhami - se, ymax=wickhami + se))

或者，使用stat_summary 和原始数据（看起来像是称为bug_subset_final）：

ggplot(bug_subset_final, aes(x=week, y=wickhami)) +      
  stat_summary(fun.data=mean_se, geom="errorbar)`.