如何使用基于 R 的映像上的多阶段构建将已安装的 R 包从第一阶段“复制”到第二阶段？

Question

我正在尝试按照多阶段方法在 R-base 上构建图像库。如何将安装的软件包从第一阶段复制到第二阶段？没有别的？

当前文件基本上给了我一个“无包”R-base 版本。所以第一阶段安装的包在某处“丢失”了。

我认为这与制作和选择正确的目录有关。这对我来说是一个令人困惑的部分，因为我对 dockerizing 应用程序还很陌生。

感谢您的帮助！

在我当前的文件下面：

# Base image
FROM rocker/r-base:latest AS stage1

## install binary, build and dependend packages
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
r-cran-pdftools \
r-cran-dplyr \
r-cran-stringr \
libxml2-dev \
libssl-dev && \
echo "r <- getOption('repos');r['CRAN'] <- 'http://cran.us.r-project.org'; options(repos = r);" > ~/.Rprofile && \
Rscript -e "install.packages(c('AzureStor'))"

##2nd stage, pulling 'fresh' base image
FROM rocker/r-base:latest

#COPY packages from 1st stage
COPY --from=stage1 /usr/local/lib/R/site-library /usr/local/lib/R/site-library

## create directories
RUN mkdir -p /script \

#Copy scripts
COPY /script /script

## Set workdir
WORKDIR /script

Answer 1

在 cmets 中，您注意到您想要摆脱任何多余的“重量”。后者通常来自安装了开发工具和软件包。现在rocker/r-base 图像已经带来了相当大的权重，因为它具有安装了依赖项的r-base-devel。但是，我们可以通过摆脱构建时依赖项，在最终映像中仅保留运行时依赖项来尝试不进一步增加权重。 R 包在运行时不需要的构建时依赖项通常是开发文件，例如系统库的头文件，例如您在运行时不需要 libxml2-dev 包。 libxml2 包就足够了。 我看到了几种可能的方法。

首先，您可以将二进制包用于需要针对系统库进行编译的包。我没有检查 AzureStor 的依赖关系，但很可能所有必需的 R 包都作为已编译的 Debian 包存在。这些将仅取决于运行时依赖项，以保持图像尺寸小且构建时间短。你的 Dockerfile 看起来像这样：

FROM rocker/r-base:latest

## install binary, build and dependend packages
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
    r-cran-pdftools \
    r-cran-dplyr \
    r-cran-stringr \
    r-cran-... \
    r-cran-... && \
    Rscript -e "install.packages(c('AzureStor'))" && \
    apt-get clean %% \
    rm -rf /var/lib/apt/lists/* && \
    rm -rf /tmp/*

## create directories
RUN mkdir -p /script 

#Copy scripts
COPY /script /script

## Set workdir
WORKDIR /script

其次，您可以在从源代码安装 R 包之前安装构建和运行时依赖项，然后在一个命令中删除构建时依赖项：

FROM rocker/r-base:latest

## install binary, build and dependend packages
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
    r-cran-pdftools \
    r-cran-dplyr \
    r-cran-stringr \
    libxml2-dev libxml2 \
    libssl-dev libssl1.1 && \
    Rscript -e "install.packages(c('AzureStor'))" && \
    apt-get purge --yes libxml2-dev libssl-dev && \
    apt-get clean %% \
    rm -rf /var/lib/apt/lists/* && \
    rm -rf /tmp/*


## create directories
RUN mkdir -p /script 

#Copy scripts
COPY /script /script

## Set workdir
WORKDIR /script

最后，您可以使用具有三个阶段的多阶段构建：

1. 添加运行时依赖项。
2. 添加构建时依赖项并将软件包安装到/usr/local/lib/R/site-library。
3. 使用 1. 作为基础并添加来自 2. 的包。

所以是这样的：

# Base image
FROM rocker/r-base:latest AS stage1

## install binary, build and dependend packages
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
r-cran-pdftools \
r-cran-dplyr \
r-cran-stringr \
libxml2 \
libssl1.1 && \
apt-get clean %% \
rm -rf /var/lib/apt/lists/* && \
rm -rf /tmp/*

FROM stage1 AS stage2
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
libxml2-dev \
libssl-dev && \
Rscript -e "install.packages(c('AzureStor'))"


FROM stage1

COPY --from=stage2 /usr/local/lib/R/site-library /usr/local/lib/R/site-library

## create directories
RUN mkdir -p /script \

#Copy scripts
COPY /script /script

## Set workdir
WORKDIR /script

我个人使用过第一种和第二种方法。我还没有测试过第三种方法，我希望它也能工作。