有没有办法在没有触摸文件的情况下链接蛇形规则？答案

【问题标题】：Is there a way to chain snakemake rules without touch files?有没有办法在没有触摸文件的情况下链接蛇形规则？
【发布时间】：2017-08-10 23:44:45
【问题描述】：

有没有办法在不创建不需要的空文件 helpA、helpB、helpC 然后删除它们的情况下完成以下 helpAll 规则？

rule helpA:
    output: touch("helpA")
    shell: "echo 'help on subject <A>'"

rule helpB:
    output: touch("helpB")
    shell: "echo 'help on subject <B>'"

rule helpC:
    output: touch("helpC")
    shell: "echo 'help on subject <C>'"

rule helpAll:
    input: "helpA","helpB","helpC"
    shell: "rm {input}

一个不错的解决方案是以下排序的规则依赖，但这不是有效的蛇码：

rule helpAll:
    input: rules.helpA,rules.helpB,rules.helpC

或：

rule helpAll:
    depends_on_rule: helpA,helpB,helpC

【问题讨论】：

标签： chaining snakemake

【解决方案1】：

我认为如果不在磁盘上创建文件，snakemake 将无法正常工作。

但您可以使用 temp 以便自动删除文件。更详细，来自文档：

Snakemake 允许将输出文件标记为临时文件，这样它们就是在每个消费作业执行完毕后删除。

reference

【讨论】：

您甚至可以将它们组合起来：temp(touch("file")).
这听起来像是解决方案！谢谢。