如何计算和绘制 30 年数据中的累积发病率（发病率）并包括 R 中的基线发生率答案

【问题标题】：How to calculate and plot cumulative incidence rate (incidence rate) over a data of 30 years and include baseline occurrence in R如何计算和绘制 30 年数据中的累积发病率（发病率）并包括 R 中的基线发生率
【发布时间】：2020-01-09 14:47:39
【问题描述】：

我正在努力寻找 R 包和代码来计算和绘制 R 中的累积发病率/IR（95% CI）。我有两个数据集 D1 和 D2，每个数据集有八个事件（E1...E8）和五组（G1...G5），每组和；

在 D1 中，我想计算 IR（CI 为 95%），然后为每个组（G1...G5）绘制一个单独的图，显示每个组中的 E1 到 E8 IR。如下所示；

在 D2 中，我想做同样的计算，除了我的绘图不应该从每个事件的零开始，因为我在研究开始日期对每个事件都有普遍的案例。应该是这样的；

我应该从生存分析开始吗？合适吗？

【问题讨论】：

我会研究卡普兰迈耶曲线rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r
@Schilker 即使我不关心数据中的死亡损失或竞争风险？我可以不计算发病率并绘制图表吗？
是的，您可以手动计算随时间推移的累积发病率，然后绘制。这似乎是更多的额外工作，但可行。

标签： r rate plots.jl

【解决方案1】：

试试下面的 Kaplan-Meier 图

library(survival)
fit = survfit(Surv(Time_variable, Censor_Variable) ~ as.factor(Stratify_Variable), data=ds)
plot(fit, conf.int=FALSE, lty=1:length(unique(Stratify_Variable)))

【讨论】：

我不知道如何在评论中添加图片，但我有五组中一个事件的生存情节，现在如果我使用plot(fit, conf.int=F, fun = function(x) 1-x) 我看到的是情节，是吗累积发病率 (CI) 图为 CI = 1-生存概率 (?)？另外，我将如何在图表中以不同的颜色呈现每条线或组并为其添加图例？
非常感谢，按照您的建议，经过一番努力，我找到了解决方案