【问题标题】:NiftyNet Selective Sampler batches not taken from mix of volumes?NiftyNet 选择性采样器批次不是从混合卷中提取的?
【发布时间】:2018-03-23 10:25:29
【问题描述】:

我正在使用 Selective Sampler 对三个 CT 卷进行训练,以确保在 RoI 周围采集足够的样本(由于类不平衡)以及一些随机样本。我还通过缩放、旋转和翻转来扩充数据,这在创建样本时会花费大量时间。

将 sample_per_volume 设置为某个较大的值(例如 32768)并将 batch_size 设置为 128,看起来 NiftyNet 将对刚从第一卷中获取的 128 个样本进行 256 次迭代,然后切换到仅从第二卷中获取的样本(带有损失急剧上升)等等。我希望每批 128 个样本是从所有训练卷中提取的样本的大致均匀混合。

我尝试将 sample_per_volume 设置为 batch_size 的大约 1/3,以便为每次迭代重新选择样本,但这会将每次迭代从 2 秒左右减慢到 50-60 秒。

我是不是误会了什么?或者有没有办法确保我的批次由来自所有训练数据的混合样本组成?谢谢。

【问题讨论】:

    标签: niftynet


    【解决方案1】:

    样本填充长度为queue_length 的队列,在.ini 文件中给出。然后从队列中随机取出它们以填充批次。

    我会让queue_length 参数更大。然后它将填充来自几个不同主题的数据。

    【讨论】:

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