【发布时间】:2015-01-16 02:21:36
【问题描述】:
我在分子组 1 中给出了一组分子,我想通过我的函数将分子移动到其他新的空分子组 2。它只将一个分子添加到空的分子组 2 中。每当我上传任何包含一个或多个分子的分子组时,它总是打印“排序的前五个分子存在于新组中”而不添加分子。此外,如果由于公差标准未添加分子,那么我如何使函数再次运行,直到成功添加分子。
def initial_configurations(newemptygroup,backgroundmols,tolerance,boxspace):
p = PointRef(backgroundmols.molecule().evaluate().centerOfGeometry())
c = CloseMols(p,newemptygroup,5)
g_random = c.closeMolecules()
if len(g_random) == 0:
newemptygroup.add(backgroundmols)
print("first molecules to be added")
else:
g = sorted(g_random.items(), key=operator.itemgetter(1)) # sort the dict by value which give tuple
print("sorted first five molecules present in newgroup =%s" %g)
t = [x[0] for x in g]
selected = newemptygroup[t[0]].molecule().evaluate().centerOfGeometry()
for i in range(1,len(t)):
closemols = newemptygroup[t[i]].molecule().evaluate().centerOfGeometry()
if (selected-closemols).length() > tolerance:
newemptygroup.add(backgroundmols)
else:
print("not added")
return newemptygroup
【问题讨论】:
标签: python python-2.7 python-3.x ipython