包裹在 os.system 中的命令被忽略答案

【问题标题】：command wrapped in os.system is ignored包裹在 os.system 中的命令被忽略
【发布时间】：2015-01-26 15:44:34
【问题描述】：

（在 os x 10.10.1 上）我正在尝试在 python 脚本中使用双端合并（Casper）。我正在使用 os.system （不想使用 subprocess 或 pexpect 模块）。在我的脚本中，这行不起作用：

os.system("casper %s %s -o %s"%(filein[0],filein[1],fileout))
#filein[0]: input file 1
#filein[1]: input file 2
#fileout: output prefix (default==casper)

一旦我的脚本启动，只有该命令的前两个字符串参数会被解释，而第三个参数不会被解释，从而产生一个带有默认前缀名称的输出文件。由于我的函数正在遍历许多 fastq 文件，因此它们都合并在一个“casper.fastq”文件中。我试图弄乱命令中不起作用的部分（就在-o之后），放入无意义的字符串，但它仍然执行没有错误和默认输出，这里是“搞砸的行”：

os.system("casper %s %s -ldkfnlqdskgfno %s"%(filein[0],filein[1],fileout))

谁能帮忙理解到底是怎么回事？

【问题讨论】：

我也尝试检查 os.sytem 返回值，它是 0，所以应该没问题，但仍然出现此输出问题
在黑暗中拍摄 - 您的文件名中有空格吗？如果是这样，'casper "%s" "%s" -o "%s" 可能会起作用。 subprocess.call(['casper', filein[0], filein[1], '-o', fileout]) 有效吗？
你试过用 print 代替 os.system 吗？只是为了检查字符串的构造是否正确
我很困惑！我尝试打印命令，字符串没有错。
此外，我已经在我的命令上尝试了“subprocess.call”，但它返回了一个我没有得到的错误：“Traceback（最近一次调用最后一次）：文件“stage_ruffus.py”，行329，在 pipeline_run(multiprocess=4) 文件“/Library/Python/2.7/site-packages/ruffus/task.py”中，第 3767 行，在 pipeline_run 中引发 job_errors ruffus.ruffus_exceptions.RethrownJobError：原始异常：异常 # 'exceptions.OSError（[Errno 2] 没有这样的文件或目录）'在...中提出任务 = def merge_read（...）：作业 = [[393W_S1_L001_R1_001.fastq，393W_S1_L001_R2_001.fastq] -> 393W_S1_L001_MERGED_READS_001.fastq]”

标签： python macos merge limits os.system

【解决方案1】：

在执行之前打印命令以检查您的命令是否正确包装（如需要引用文件名）
直接执行假设的输出命令，看看它是否被误解。

【讨论】：

我已经通过打印检查了该命令，看起来还可以。我不确定“直接”执行的含义？如果您的意思是“在终端中执行脚本之外的打印命令：我做到了，但发生了一些奇怪的事情：它仍然给了我默认输出。
您的想法很棒，在终端中执行打印的命令表明命令本身存在问题：要么我有输出选项问题，要么应该引用字符串中的文件名。我要解决这个问题，但是THX HUAZHIHAO，我应该考虑一下！如果您有更多线索，请不要犹豫，分享它们
完成！真的很奇怪，在 Casper 工具助手中，写着：“Usage : CASPER forward.fastq reverse.fastq [OPTIONS]”。因此我的命令是："casper file1 file2 -o output_prefix" 但它不起作用。重新制定命令，从选项开始，而不是文件输入“casper -o output_prefix file1 file2” WORKS
抱歉，我对 casper 及其参数列表一无所知。我只是表达我关于如何处理 bash 执行的通常经验。我必须承认它并没有涵盖每一个案例。有时，您还需要处理环境 - 我的意思是用户、路径、acl 等。希望对您有所帮助。
哈哈，OSX 有时候真的会这样。一些命令在 debian 下执行得非常好，但对于 OSX，它需要更好地格式化/限制。