在 OS X 上编译 PETSc 示例时出错

Question

这里是 hello.cpp。我在 OS X 上。我直接从源代码构建了 PETSc。

#include <petscvec.h>

int main(int argc,char **argv)
{
 Vec x;
 PetscInitialize(&argc, &argv, NULL, NULL);
 VecCreateSeq(PETSC_COMM_SELF, 100, &x);
 VecSet(x, 1.);
 PetscFinalize();
 return 0;
} 

这是我的makefile

PETSC_BASE_DIR=/Users/buddha/src/petsc
PETSC_LIB_DIR=${PETSC_BASE_DIR}/lib
PETSC_INCLUDE_DIR=${PETSC_BASE_DIR}/include

INCLUDES=$(PETSC_INCLUDE_DIR)
LIBS=$(PETSC_LIB_DIR)

CC=g++
EXEC=oy
ARGS=-Wall -lstdc++
CPP=hellp.cpp
#CPP=oy.cpp

all: hello.cpp
   $(CC) $(ARGS) -I$(INCLUDES) -L$(LIBS) -o $(EXEC) $<

clean:
   rm $(EXEC)

run:
   ./$(EXEC)

产量

make
g++ -Wall -lstdc++ -I/Users/buddha/src/petsc/include 
   -L/Users/buddha/src/petsc/lib -o oy hello.cpp
Undefined symbols for architecture x86_64:
"_PetscFinalize", referenced from:
    _main in hello-924d8b.o
 "_PetscInitialize", referenced from:
  _main in hello-924d8b.o
 "_VecCreateSeq", referenced from:
    _main in hello-924d8b.o
 "_VecSet", referenced from:
    _main in hello-924d8b.o
 "_ompi_mpi_comm_self", referenced from:
    _main in hello-924d8b.o
 ld: symbol(s) not found for architecture x86_64
 clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
 make: *** [all] Error 1

看来库链接正确。很多关于这个话题的讨论都说尝试使用 g++，我正在这样做。

Answer 1

您实际上并没有链接库文件，只是告诉编译器有关库目录的信息。您需要执行 -lPetsc 或调用任何文件才能正确链接。

编辑：在 OSX 上，除非您专门安装它，否则您也不会使用 gcc。 gcc/g++ 正在使用 clang，除非你自己去安装它。您甚至可以在编译器输出中看到这一点。

编辑 2：我使用以下代码编译了您的示例代码：

clang++ petsc.cpp -L/usr/local/Cellar/petsc/3.7.6_3/lib 
-I/usr/local/Cellar/petsc/3.7.6_3/include -lpetsc 
-L/usr/local/Cellar/open-mpi/2.1.1/lib -lmpi

所以，正如我所说，你错过了-lpetsc。添加此标志后，我发现 petsc 需要 Open-MPI，因此我也为此添加了库 (-lmpi)

在 OS X 中确定链接对象的一般规则：

1. locate 终端中你想要的库。这为您提供了您需要的目录路径。如果您以前从未使用过此命令，它将在第一次运行时构建一个定位数据库。

2. 转到库目录，您会看到一堆 .dylib 或 .as 或其他文件。它们通常以 lib 开头。这意味着您删除了库，而您需要的精确的-l 命令是-l(remainingname)。我希望这对未来有所帮助。