无法在使用 gfortran 编译的 R 中加载共享对象：未定义符号：_gfortran_st_close

Question

我在 R 中使用的代码依赖于从 R 编译的另一个 fortran 代码。

完全相同（收集）的代码在另一台笔记本电脑上也能正常工作，所以这可能是外部库的问题。

尝试加载“.so”对象时出现错误：

    dyn.load("./Build/bamhbi_interface.so")

这导致此错误消息让我没有解决方案：

Error in dyn.load("./Build/bamhbi_interface.so") : 
  unable to load shared object './Build/bamhbi_interface.so':
  ./Build/bamhbi_interface.so: undefined symbol: _gfortran_st_close

上下文

• Ubuntu 20.04
• R 版本 3.6.3 (2020-02-29)
• GNU Fortran (Ubuntu 9.3.0-17ubuntu1~20.04) 9.3.0
• fortran 代码是使用
编译的

  system("R CMD COMPILE bamhbi_alkalinity.f90")
  system("R CMD COMPILE bamhbi_nemo2r.f90")
  [...]
  system("R CMD COMPILE bamhbi_interface.f90")

  system("R CMD SHLIB -o bamhbi_interface.so bamhbi_alkalinity.o bamhbi_nemo2r.o [...] bamhbi_diagnostics.o bamhbi_interface.o")

• 由于我使用的是 '~/.R/Makevars' 文件，因此编译命令相当于：

gfortran -fno-optimize-sibling-calls -fpic -cpp -fdefault-real-8 -ffree-line-length-512 -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.6.3=. -fstack-protector-strong -c bamhbi_nemo2r.f90 -o bamhbi_nemo2r.o

和

gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o bamhbi_interface.so bamhbi_alkalinity_vars.o bamhbi_alkalinity.o benthic_metamodels.o bamhbi.o bamhbi_sinking.o bamhbi_nemo2r.o bamhbi_diagnostics.o bamhbi_interface.o -L/usr/lib/R/lib -lR 用于 R CMD SHLIB 步骤

Answer 1

@vladimir-f 提供了答案：

用 -lgfortran 补充链接命令以加载 libgfortran 就可以了：

 system("R CMD SHLIB -o bamhbi_interface.so bamhbi_alkalinity.o bamhbi_nemo2r.o [...] bamhbi_diagnostics.o bamhbi_interface.o -lgfortran")