hmm... 你的建议是让两个单独的 repos 处理一些相同的文件，但在同一个目录中。据我所知，您无法进行确切的设置。但我也认为这不是一个很好的设置——你违反了“封装”规则。
最好有：
回购X:
├── folder1
├── folder2
├── folder3
├── folder4
│ └── b.cpp
├── common (submodule called "common")
| ├── c.cpp
│ └── a.cpp
└── d.cpp
回购Y:
├── folder1
├── common (submodule called "common")
| ├── c.cpp
│ └── a.cpp
└── e.cpp (repo Y only files)
回购common
├── c.cpp
└── a.cpp
所以这里有三个 git repos：X、Y 和 Common。
Common 是 X 和 Y 中的子模块。这是构建项目的更好方法。
然后您的公共子模块保留共享历史记录（嗯，它自己的历史记录），并且您的特定 X 和特定 Y 文件有自己独立的历史记录。
要从您所在的位置到达那里，您需要创建两个新的存储库（Y 和 common）：
- 将公用文件移入公用文件。
- 将 Y 文件移动到 Y 中。
- 将公共子模块包含在 X 和 Y 中：
git submodule add <url to common>
- 提交更改并将更改推送到每个存储库。
嗯，这就是它的大致轮廓。如果您想进一步澄清，请询问...
注意：如果您希望目录结构完全完整，您可以将“common”命名为“folder4”，但它仍然需要是一个子模块.. 但我认为对你的文件夹最好把所有常见的东西都移到一个地方。
更新 1
来自@J.Doe 的请求是如何从 X 创建 Y，但如果没有子模块，您将拥有来自 Y 的文件副本...
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mkdir Y - 创建新文件夹（在任何 git repo 之外）
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cd Y - 进入该文件夹
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git init - 把它变成一个 git 仓库
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cp -r <path-to-X\folder1> . - 将文件夹 1 复制到 repo 中
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mkdir folder4 - 创建文件夹 4.
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cp <path-to-X\folder4\a.cpp> folder4 - 复制 a.cpp
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cp <path-to-X\c.cpp> . - 复制 c.cpp
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git add -A - 将所有文件添加到 repo 中（暂存它们）
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git commit -m "initial version of Y" - 将文件提交到仓库
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git remote add origin <url to remote Y> - 添加远程 Y 存储库（您必须先在 github 中创建它）。
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git push origin master - 假设您在主分支（默认）上，将您的初始提交推送到远程。
正如我所说，这将使用来自 X 的副本创建存储库 Y，作为具有新历史的单独存储库。如果您想获得 X 的历史记录，您也可以这样做，但方法略有不同。
更新 2
要创建 Y 并保留 X 的历史：
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cp -r X Y - 复制 X 但称其为 Y
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cd Y - cd 到 Y（注意这仍然只是 X 的副本）
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rm -r folder2 folder3 folder4/b.cpp d.cpp - 删除 Y 中不需要的文件
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git add -A - 添加所有更改（在这种情况下 git 将检测删除文件）
git commit -m "Y Created from X - initial version"-
git remote rm origin - 移除 github 上指向 X 的远程。
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git remote add origin <url to Y on github> - 将遥控器添加到 github 上的 Y
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git push origin master - 将新的 repo 推送到 Y。
注意：在这里，您将拥有回购 Y 中 X 的全部历史记录。Y 现在将与 X 分开（即分歧）。
注意：您的要求的一个问题是 git 不适用于单个文件。